Imunocytochemie se od imunohistochemie liší tím, že se provádí na vzorcích intaktních buněk, z nichž byla odstraněna většina, ne-li celá okolní extracelulární matrix. To zahrnuje jednotlivé buňky, které byly izolovány z bloku pevné tkáně, buňky pěstované v kultuře, buňky uložené ze suspenze nebo buňky odebrané z nátěru. Naproti tomu imunohistochemické vzorky jsou řezy biologickou tkání, kde je každá buňka obklopena tkáňovou architekturou a dalšími buňkami, které se normálně nacházejí v neporušené tkáni. imunocytochemie je technika používaná k hodnocení přítomnosti specifického proteinu nebo antigenu v buňkách (kultivovaných buňkách, buněčných suspenzích) pomocí specifické protilátky, která se na něj váže, a umožňuje tak jeho vizualizaci a vyšetření pod mikroskopem. Je to cenný nástroj pro stanovení buněčného obsahu jednotlivých buněk. Mezi vzorky, které lze analyzovat, patří krevní nátěry, aspiráty, stěry, kultivované buňky a buněčné suspenze.
Existuje mnoho způsobů přípravy buněčných vzorků pro imunocytochemickou analýzu. Každá metoda má své silné stránky a jedinečné vlastnosti, takže lze zvolit správnou metodu pro požadovaný vzorek a výsledek.
Buňky, které mají být obarveny, mohou být připevněny k pevnému nosiči, aby bylo možné s nimi snadno manipulovat při dalších postupech. Toho lze dosáhnout několika způsoby: adherentní buňky lze pěstovat na mikroskopických sklíčkách, krycích sklech nebo opticky vhodném plastovém nosiči. Suspendované buňky lze odstředit na sklíčka (cytospin), navázat na pevnou podložku pomocí chemických pojiv nebo v některých případech s nimi lze manipulovat v suspenzi.
Koncentrované buněčné suspenze, které existují v médiu s nízkou viskozitou, jsou vhodnými kandidáty pro přípravu nátěrů. Zředěné buněčné suspenze existující ve zředěném médiu jsou nejvhodnější pro přípravu cytospinů pomocí cytocentrifugace. Buněčné suspenze, které existují v prostředí s vysokou viskozitou, jsou nejvhodnější pro testování jako preparáty z výtěrů. Konstantou mezi těmito preparáty je, že na povrchu sklíčka je přítomna celá buňka. Aby mohla proběhnout jakákoli mezibuněčná reakce, musí imunoglobulin nejprve projít buněčnou membránou, která je v těchto preparátech neporušená. Reakce probíhající v jádře mohou být obtížnější a extracelulární tekutiny mohou vytvářet jedinečné překážky při provádění imunocytochemie. V této situaci se stává nezbytnou permeabilizace buněk pomocí detergentu (Triton X-100 nebo Tween-20) nebo volba organických fixativ (aceton, metanol nebo etanol).
Protilátky jsou důležitým nástrojem pro prokázání přítomnosti i subcelulární lokalizace antigenu. Barvení buněk je velmi univerzální technika, a pokud je antigen vysoce lokalizován, může v buňce detekovat až tisíc molekul antigenu. Za určitých okolností lze barvení buněk použít také k určení přibližné koncentrace antigenu, zejména pomocí analyzátoru obrazu.
.