BackgroundEdit
Skutečné pochopení buněčné diferenciace v imunitním systému bude vyžadovat obecný pohled na transkripční profil každého typu buněk adaptivního a vrozeného imunitního systému a na to, jak se tyto profily vyvíjejí prostřednictvím buněčné diferenciace nebo aktivace imunogenními nebo tolerogenními ligandy. Cílem projektu ImmGen je vytvořit plán těchto transkripčních stavů.
Kompendium genové expreseEdit
Prvním cílem projektu ImmGen je vytvořit kompendium transkripčních profilů celého genomu (původně pomocí microarray, nyní většinou pomocí sekvenování RNA) pro téměř všechny charakterizované buněčné populace adaptivního a vrozeného imunitního systému myši v hlavních fázích diferenciace a aktivace. Toto úsilí provádí skupina spolupracujících imunologických výzkumných laboratoří v USA. Každá z laboratoří přináší jedinečné zkušenosti s určitou buněčnou linií a všechny používají standardizované postupy pro třídění buněk. Kompendium mikročipových dat v současné době zahrnuje více než 250 imunologicky relevantních buněčných typů ze všech lymfoidních orgánů a dalších tkání, které jsou monitorovány imunitními buňkami.
PublikaceEdit
V průběhu hromadění kompendia byla publikována řada zpráv ImmGen. Některé zprávy týkající se specifických linií popisovaly hematopoetické kmenové buňky, přirozené zabíječské buňky, neutrofily, B a T buňky, přirozené zabíječské buňky, makrofágy, dendritické buňky, alfa beta T buňky, gama delta T buňky, aktivované CD8 T buňky, vrozené lymfoidní buňky a stromální buňky lymfatických uzlin. ačkoli většina transkripčních profilů byla provedena na myších B6, byl studován také vliv genetických variací. druhá fáze ImmGen začala profilovat aktivované imunitní buňky. Jako testovací případ byla použita interferonová odpověď.
Bioinformatický model genové regulační sítěEdit
Několik skupin spolupracujících výpočetních biologů (Regev & Koller) použilo data k reverznímu inženýrství genetické regulační sítě v imunitních buňkách a k jejímu porovnání s lidským imunitním systémem Počáteční průzkum rozdílného sestřihu napříč imunitními liniemi byl proveden pomocí mikročipů i sekvenování RNA.
Vizuální reprezentace datEdit
Účastníci projektu z katedry počítačových věd Brownovy univerzity také zkoumají nové způsoby reprezentace dat ImmGen, vyvíjejí a kurátorují veřejnou reprezentaci.
ČlenovéEdit
Mezi zúčastněné imunologické laboratoře patří laboratoře Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (aktivované CD8 T buňky, UCSD, San Diego), Kang (gama delta T buňky, U. Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, San Francisco), Mathis/Benoist (alfa beta T buňky, HMS, Boston), Merad a Randolph (monocyty & makrofágy, Mount Sinai, New York a Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston) a Wagers (HSC, Joslin, Boston).
V červnu 2016 tragicky zemřel Richard (Randy) Hardy (Fox Chase, Philadelphia), který byl členem ImmGenu od jeho založení.
Současný stavEdit
K srpnu 2016 Immgen profiloval více než 250 populací naivních buněk u myší pomocí mikročipů a několik desítek aktivovaných buněčných typů pomocí sekvenování RNA.