Raná historie
Když Španělé přišli kolonizovat Honduras, zemi obývala řada původních obyvatel, z nichž nejvyspělejší byli Mayové. Zlato podnítilo španělské dobývání oblasti na počátku 16. století a honduraské zlatokopecké město Gracias se v roce 1544 stalo hlavním městem španělské Střední Ameriky (Audiencia de los Confines). Do roku 1548 však Španělé zlato vyčerpali a novým hlavním městem Guatemalského království se stalo Santiago (Antigua Guatemala). Honduras, jehož hlavním městem byla Comayagua a základem hospodářství zemědělství, byl provincií tohoto království (audiencia) v rámci místokrálovství Nové Španělsko. V 70. letech 15. století přivedl nález stříbra na vysočině do Hondurasu příliv prospektorů, což vedlo ke vzniku významného populačního centra v Tegucigalpě, které později, zejména v 18. století, soupeřilo s Comayaguou. Zemědělství, trvalá ekonomická základna Střední Ameriky, se však v Hondurasu rozvíjelo pomalu. Rozvoji španělské společnosti v oblasti Hondurasu bránily pobřežní útoky pirátů a bukanýrů, které byly endemické pro Karibské moře, a nakonec i soustředěná snaha Britů ovládnout pobřežní oblasti Střední Ameriky. Španělé po dlouhou dobu využívali měkkou obranu proti karibské hrozbě a stáhli se na vysočinu a do tichomořských pobřežních oblastí, které byly obecně blíže jejich komunikační a dopravní síti. Britové tak získali kontrolu nad karibskou pobřežní oblastí Mosquito. Nepostradatelnými spojenci Britů v tomto úsilí byly národy Sambo-Miskito žijící podél pobřeží. V 18. století však španělští bourbonští králové vyvíjeli trvalé úsilí o znovuzískání karibských pobřežních oblastí a jejich úspěch v Honduraském zálivu se projevil dokončením pevnosti Omoa v zálivu v roce 1779.
Nezávislost na Španělsku nastala v roce 1821 a na Mexiku v roce 1823, kdy se Honduras připojil k vytvoření Spojených provincií Střední Ameriky. Třenice mezi liberálními a konzervativními frakcemi však federaci brzy podkopaly. Liberálové obecně upřednostňovali republikanismus, volnější obchod, méně státních regulací, odstranění politické a hospodářské moci katolického kléru a napodobování zahraničních modelů rozvoje. Konzervativci hájili duchovenstvo, přikláněli se k monarchismu, nedůvěřovali zahraničním modelům a obecně měli tradičnější a prošpanělské názory. V roce 1830 se prezidentem této federace stal honduraský liberál Francisco Morazán, který po desetiletí prosazoval liberální politiku, jež omezovala tradiční moc a privilegia duchovenstva a zvyšovala vývoz zemědělských produktů. Konzervativní a lidová opozice vůči liberální politice vedla k rozpadu federace a Honduras 5. listopadu 1838 vyhlásil absolutní nezávislost. Procírkevní konzervativci v Hondurasu převzali vládu pod vedením Francisca Ferrery, který se 1. ledna 1841 stal prvním ústavním prezidentem. V polovině 19. století Honduras navzdory vyhlášení suverenity podporoval snahy o obnovení středoamerické unie, zatímco jeho skutečná nezávislost byla silně omezována jeho mocnějšími sousedy. Konzervativní nadvláda trvala až do 70. let 19. století, během nichž církev znovu získala své dřívější postavení a honduraská vláda podepsala konkordát (1861) se Svatým stolcem v Římě.
Po roce 1871 ovlivnil nástup Justa Rufina Barriose v Guatemale návrat k liberalismu v Hondurasu, kde se prezidentského úřadu ujal liberál Marco Aurelio Soto (1876). V roce 1880 vyhlásili liberálové novou ústavu, která se snažila zrušit dílo konzervativců, a také přesunuli hlavní město z Comayaguy do Tegucigalpy. O pět let později se liberálové v Hondurasu i jinde projevili jako první nacionalisté a zablokovali pokus Guatemaly o násilné sjednocení istmu. Liberálové pokračovali v ovládání země i ve 20. století, podporovali zahraniční investice a hospodářský růst, ačkoli Honduras zůstával nejchudším státem na průlivu.