Hemaglutinin, některý ze skupiny přirozeně se vyskytujících glykoproteinů, které způsobují aglutinaci neboli shlukování červených krvinek (erytrocytů). Tyto látky se vyskytují v rostlinách, bezobratlých a některých mikroorganismech. Mezi nejlépe charakterizované hemaglutininy patří ty, které se vyskytují jako povrchové antigeny (cizorodé bílkoviny, které stimulují tvorbu protilátek) u virů čeledi Orthomyxoviridae, která obsahuje viry chřipky, a čeledi Paramyxoviridae, která obsahuje řadu patogenních virů, včetně virů způsobujících spalničky.

Přítomnost hemaglutininu u virů chřipky umožňuje virům vázat se na kyselinu sialovou na povrchu buněk hostitelských zvířat. Tato vazba usnadňuje infekci hostitele, čímž přispívá k virulenci virů. Předpokládá se, že podobný mechanismus přispívá k infekční povaze viru spalniček. Virový hemaglutinin stimuluje tvorbu protilátek imunitním systémem hostitele. Tyto protilátky se vážou na část antigenu hemaglutininu známou jako epitop, čímž označují virus pro imunitní destrukci. V případě chřipkových virů mohou mutace v genech kódujících hemaglutinin vést ke vzniku nových epitopů, které virům umožňují uniknout rozpoznání protilátkami. Tyto mutace mohou být výsledkem antigenního driftu nebo antigenního posunu – procesů, které mohou vést ke vzniku chřipkových virů schopných vyvolat epidemie nebo pandemie. S chřipkovými viry typu A je spojeno 16 forem hemaglutininu, označovaných H1 až H16. Spolu s různými formami virového antigenního proteinu zvaného neuraminidáza se hemaglutinin používá k rozlišení podtypů chřipkových virů typu A (např. H1N1, H5N1).

Protilátky proti virům, které mají antigeny hemaglutininu, lze detekovat pomocí hemaglutinin-inhibičního testu. Pokud je osoba nebo zvíře nositelem takových protilátek, zabrání se aglutinaci červených krvinek (viz sérologický test).