Publikace
V jednom ze svých raných děl, lékařském traktátu o přednostech mléka Libellus de lacte et operibus lactariis (1545), připojil dopis příteli, v němž vychvaluje hory jako jeden z největších divů přírody. Tato zmínka a pozdější popis jeho výstupu na horu Pilatus (1555) představují jeden z prvních záznamů o horolezectví.
V roce 1545 vydal Gesner svou Bibliotheca universalis, první bibliografii svého druhu, v níž abecedně seřadil asi 1800 autorů s názvy jejich děl, poznámkami, hodnoceními a komentáři o povaze a zásluhách každé položky. Na tento monumentální odkaz navázalo v roce 1548 encyklopedické dílo Pandectarum sive Partitionum universalium Conradi Gesneri… libri xxi, v němž se Gesner pokusil o přehled zaznamenaného světového vědění v 21 heslech. Prvních 19 knih vyšlo v roce 1548; poslední, věnovaná teologickému myšlení, byla vydána v roce 1549, zatímco dvacátá, věnovaná lékařství, nebyla nikdy dokončena.
Dalším Gesnerovým monumentálním dílem bylo kompendium zaznamenaných poznatků o životě zvířat, Historiae animalium, v němž se snažil odlišit pozorovaná fakta od mýtů a lidových omylů. První díl (1551), bohatě ilustrované dílo o 1100 foliových stranách, se zabýval živorodými čtyřnožci (čtyřnohými živočichy, kteří rodí živá mláďata). Pozdější svazky věnované vejcorodým čtyřnožcům (těm, kteří vyvádějí mláďata z vajec), ptákům, rybám a dalším vodním živočichům následovaly v letech 1554, 1555 a 1556; částečně dokončený pátý svazek o hadech byl vydán posmrtně v roce 1587.
Gesner nikdy nedokončil podobně rozsáhlý přehled rostlin, ale jeho poznámky a asi 1 500 dřevorytů rostlin a jejich významných květů a semen využívali další autoři ještě dvě století po jeho smrti. Ačkoli za svého života byl Gesner znám především svými botanickými pracemi, vydal také Mithridates: de differentis linguis (1555), popis asi 130 tehdy známých jazyků, a edici (1556) děl římského spisovatele různých spisů Claudia Aeliana ze 3. století.
.