00:00:15.00Dobrý den, jsem Anne Carpenter z Broad Institute,
00:00:17.08a jedna z vedoucích projektu CellProfiler.
00:00:19.18Dnes bych vám ráda představila CellProfiler.
00:00:22.00Jedná se o bezplatný software s otevřeným zdrojovým kódem pro analýzu obrazu
00:00:24.18který dokáže identifikovat a měřit biologické entity a obrazy;
00:00:27.06zpracovávat velké obrazy v jakémkoli měřítku,
00:00:29.11od malého experimentu po velký;
00:00:31.21a exportovat data pro další analýzu.
00:00:34.12Nejprve několik základních informací o CellProfileru.
00:00:36.09Navrhl ho biolog – to jsem já.
00:00:38.09První verzi jsem napsal před mnoha lety
00:00:40.13aby vyplnil mezeru mezi nejnovějšími výpočetními metodami
00:00:42.19a každodenními biology.
00:00:44.08Je zdarma.
00:00:45.17A protože je to open-source, můžete si napsat vlastní moduly, pokud potřebujete.
00:00:48.11Běží na Windows, Macu a Linuxu,
00:00:50.22interferuje s mnoha dalšími populárními softwary pro analýzu biologických snímků,
00:00:53.22a čte více než 180 formátů mikroskopických souborů
00:00:57.00díky Bio-Formats.
00:00:58.18A podle mnoha ukazatelů je CellProfiler velmi populární
00:01:00.26a mezi biology oblíbený.
00:01:03.08Nejlepším místem, kde začít s CellProfilerem
00:01:05.04je najít příklad pipeline,
00:01:06.24buď z článku, který jste četli a kde byl CellProfiler použit;
00:01:09.08z online fóra otázek a odpovědí, forum.sc;
00:01:13.13nebo ze stránky příkladů CellProfileru, přičemž některé z těchto příkladů jsou uvedeny zde.
00:01:18.21Jakmile do CellProfileru načtete pipeline,
00:01:20.14můžete ji začít upravovat tak, aby se přizpůsobila vašemu biologickému problému.
00:01:24.10Hlavním cílem je samozřejmě identifikovat a změřit
00:01:27.04nějaké biologické entity,
00:01:28.16ať už jsou to buňky nebo kolonie nebo synapse a tak dále.
00:01:31.09Je třeba se rozhodnout,
00:01:33.03jaké struktury nebo oblasti či kompartmenty chcete identifikovat,
00:01:36.04jak je identifikovat?,
00:01:37.13a nakonec, které funkce měřit?
00:01:39.01A jak budete sestavovat moduly v CellProfileru,
00:01:41.03to jsou otázky, které si budete klást.
00:01:44.07Mícháte a maximálně… párujete tyto moduly, abyste vytvořili potrubí,
00:01:47.12nebo pracovní postup, který splní váš úkol.
00:01:49.25Některé z těchto kroků jsou velmi triviální,
00:01:51.
00:01:51.
00:01:51.
00:01:51.13například rozdělení barev vícekanálového obrazu.
00:01:53.25Některé kroky vás možná dříve nenapadly,
00:01:56.03ale vy… je velmi důležité dělat věci, jako je
00:01:58.19korekce osvětlení, abyste zlepšili kvalitu kvantifikace
00:02:01.12kterou získáte ze svých snímků.
00:02:03. Je to velmi důležité.22Jakmile předzpracujete snímky podle svých představ,
00:02:06.04můžete do nich vložit moduly, které identifikují zájmové struktury a kompartmenty,
00:02:08.23jako jsou jádra nebo hranice buněk,
00:02:10.
.16jak je ukázáno zde.
00:02:12.04Toto je často náročná část nastavení pracovního postupu analýzy obrazu,
00:02:15.09ale existuje spousta nástrojů a tipů, které vám…
00:02:17.27podají vám zde pomocnou ruku.
00:02:20.09Některé z druhů parametrů, které budete muset v tomto procesu upravit
00:02:23.28včetně úpravy nastavení pro určení popředí
00:02:26.26proti pozadí.
00:02:28.08Tady je příklad, kdy je to trochu moc přísné
00:02:30.08 trochu moc mírné, a pak trochu moc přísné,
00:02:31.29a nakonec tak akorát.
00:02:33.23Existují další nastavení, která umožňují
00:02:36.14rozhodnout o vhodném rozdělení versus sloučení pro některé objekty.
00:02:39.06Takže, můžete vidět, že jsou zde čtyři jádra
00:02:40.27která jsou zobrazena celá slepená dohromady.
00:02:42.14Přizpůsobili jsme nastavení, dokud nebyla správně oddělena,
00:02:45. Pak jsme se rozhodli, že je to správně.13pomocí různých nastavení v rámci modulů.
00:02:48.24A jakmile identifikujete struktury, které vás zajímají,
00:02:50.28je vlastně velmi jednoduché změřit jejich vlastnosti.
00:02:53.28Prostě jen najedete do různých modulů pro tyto různé kategorie metrik,
00:02:56.24které zahrnují evidenci, kolik věcí existuje;
00:02:59.02velikosti; tvary;
00:03:00.22textury, což je hladkost vzoru intenzity fluorescenčního barvení;
00:03:04.22a také množství intenzity, které může odpovídat skutečnému množství například proteinového produktu ve vašich snímcích;
00:03:10.12a také věci, jako jsou prostorové vztahy.
00:03:13.13Jakmile je vaše pipeline nastavena podle vašich představ,
00:03:15.15můžete ji automaticky spustit na mnoha snímcích.
00:03:17.25Jestliže se jedná o malý počet,
00:03:19.19můžete ji spustit na svém notebooku nebo stolním počítači.
00:03:21.07Jestliže se jedná o velmi rozsáhlý experiment,
00:03:23.01možná budete potřebovat spustit obrazy na výpočetním klastru
00:03:25.10nebo použít cloudové zdroje online.
00:03:27.15A existují nástroje, které vám pomohou udělat obojí.
00:03:29.21Nakonec můžete svá data zkoumat pomocí, opravdu,
00:03:32.18jakéhokoli softwaru pro analýzu dat.
00:03:34.07Jednou z možností je CellProfiler Analyst.
00:03:36.11Je navržen tak, aby vám umožnil zkoumat data z velkých sad snímků
00:03:38.23kde jsou data interaktivně propojena se snímky.
00:03:41.16Také vám umožní automaticky klasifikovat fenotypy.
00:03:43.22Podívejme se na oba tyto druhy funkcí.
00:03:45.28Nejprve nástroje pro průzkum.
00:03:47.23Obsahuje mnoho vizualizací dat
00:03:49.22které byste viděli vlastně v každém tabulkovém softwaru.
00:03:51.28Rozdíl je v tom, že v CellProfiler Analyst,
00:03:54.00každý datový bod je propojen s obrázky, které tento datový bod vytvořily.
00:03:57.08To vám umožní prozkoumat vlastnosti vašich snímků
00:03:59.24a metriky, které byly vytvořeny,
00:04:01.15a pokusit se určit, co…
00:04:03.02co se děje ve vašem experimentu,
00:04:04.20nebo případně dokonce provést nějaká opatření pro kontrolu kvality,
00:04:07.02 abyste zjistili, zda jsou snímky rozmazané,
00:04:09.00nebo zda mají sytost nebo jiné druhy artefaktů.
00:04:12.04A nejoblíbenější funkcí CellProfiler Analyst je jeho klasifikátor.
00:04:15.26To, co dělá, je, že zobrazí řadu buněk z vašeho experimentu
00:04:19.01– nebo jiných objektů, které jste identifikovali —
00:04:21.08a požádá vás, abyste je roztřídili
00:04:23.21na základě jejich fenotypu zájmu.
00:04:24.29A tak…
00:04:26.15vše, co musíte udělat, je přetahovat jednotlivé buňky
00:04:28.11abyste je roztřídili jako pozitivní a negativní pro fenotyp,
00:04:31.05nebo opravdu můžete mít tolik košů, kolik chcete.
00:04:32.25A pak, jak třídíte jednotlivé buňky,
00:04:36.03počítač se od vás učí a snaží se identifikovat,
00:04:38.24jaké jsou metriky buněk, které rozlišují různé koše?
00:04:42.03Jak třídíte více a více buněk,
00:04:45.02a jak opravujete chyby,
00:04:46.26třídič se zlepšuje a zlepšuje,
00:04:48.14až do bodu, kdy vás počítač může nahradit při vytváření správné odpovědi
00:04:52.20pro velký počet buněk.
00:04:54.10Takže, jakmile je klasifikátor natrénován,
00:04:56.01můžete třídit… můžete hodnotit miliony nebo miliardy buněk
00:04:59.13zcela automatizovaně.
00:05:00.24Moje laboratoř spolupracuje s několika dalšími po celém světě
00:05:03.10na vytvoření nového webového nástroje pro klasifikaci obrázků
00:05:05.24který je poháněn hlubokým učením.
00:05:07.16Takže se podívejte na jeho webové stránky
00:05:09.08a zjistěte, zda je připraven k použití.
00:05:11.26Více se můžete dozvědět prostřednictvím těchto souvisejících videí iBiology
00:05:14.18o mikroskopii a analýze obrazu.
00:05:16.10A doufám, že si vyzkoušíte analýzu biologických obrazů,
00:05:18.19při použití CellProfileru,
00:05:20.04a pokud budete potřebovat pomoc se začátkem, zamiřte na online fórum vědecké komunity Image Forum.

.