Andres Bonifacio se narodil 30. listopadu 1863 v Tondo v Manile. Vyrůstal ve slumech a z praktických zkušeností znal skutečné podmínky třídního boje ve své společnosti. Brzy osiřel a přerušil základní školní docházku, aby se mohl živit jako řemeslník a poté jako úředník-poslíček a agent zahraničních obchodních firem v Manile. Bonifacio vstřebával učení klasického racionalismu z děl Josého Rizala, Bídníků Victora Huga, Potulného žida Eugèna Sue, knih o Francouzské revoluci a životních osudů prezidentů Spojených států a osvojil si chápání dynamiky společensko-historického procesu. To ho vedlo k tomu, aby se připojil k filipínské Lize, kterou Rizal zorganizoval v roce 1892 s cílem sjednotit a zintenzivnit nacionalistické hnutí za reformy.
Když byla Liga po Rizalově zatčení a vyhnání rozpuštěna, Bonifacio v roce 1892 založil Katipunan a poskytl tak lidové agitaci za svobodu, nezávislost a rovnost shromaždiště. Katipunan vytvořil své iniciační obřady podle vzoru zednářů, ale jeho ideologické zásady vycházely z Francouzské revoluce a lze je hodnotit jako radikální v jejich materialisticko-historickém zaměření. Katipunan vyzdvihoval práci jako zdroj všech hodnot. Upozorňoval na nespravedlivou třídní strukturu koloniálního systému, na zvýšené vykořisťování domorodého obyvatelstva, a tudíž na nutnost potvrdit kolektivní sílu pracujících mas s cílem zničit nespravedlivý systém.
Když byla společnost 19. srpna 1896 objevena, měla asi 10 000 členů. Dne 23. srpna se Bonifacio a jeho stoupenci sešli v Balintawaku a dohodli se na zahájení ozbrojeného boje. O dva dny později došlo k první potyčce a brzy následovala vláda teroru ze strany Španělů.
Konflikt rozdělil povstalce na dvě skupiny Magdiwang a Magdalo v Cavite na Luzonu. Bonifacio byl vyzván, aby se stal prostředníkem, ale byl odmítnut klanovou střední třídou v Cavite. Generál Emilio Aguinaldo, zvolený prezident prozatímní revoluční vlády, vyhodnotil Bonifaciovy plány jako rozdělující a škodlivé pro jednotu a nařídil zatčení, soud a popravu Bonifacia a jeho bratrů za „zradu a vzpouru“. Dne 10. května 1897 byl Bonifacio popraven.
V rozporu s rozšířeným názorem nelze příčinu Bonifaciovy tragické smrti z rukou ostatních filipínských povstalců přičítat pouze jeho osobní pýše. Spíše souhra třídních sil a avanturistické tendence Bonifaciovy skupiny vedly k jeho izolaci a následně ke kompromisům Aguinalda s americkými vojenskými útočníky.