S výjimkou některých původně studovaných enzymů, jako je pepsin, rennin a trypsin, končí většina názvů enzymů na „ase“. Mezinárodní biochemická unie (I.U.B.) iniciovala standardy enzymové nomenklatury, které doporučují, aby názvy enzymů uváděly jak substrát, na který působí, tak typ katalyzované reakce. Podle tohoto systému se enzym urikáza nazývá urát: O2 oxidoreduktáza, zatímco enzym glutamát-oxaloctová transamináza (GOT) se nazývá L-aspartát: 2-oxoglutarát aminotransferáza.

Enzymy lze klasifikovat podle druhu katalyzované chemické reakce.

1. Přidávání nebo odstraňování vody
   1. Hydrolasy – patří sem esterasy, karbohydrasy, nukleasy, deaminasy, amidasy a proteasy
   2. Hydrasy, jako je fumarasa, enolasa, akonitáza a uhličitá anhydráza
2. Přenos elektronů
   1. Oxidázy
   2. Dehydrogenázy
3. Přenos radikálu
   1. Transglykosidázy -. monosacharidů
   2. Transfosforylázy a fosfomutázy – fosfátové skupiny
   3. Transaminázy – amino skupiny
   4. Transmetylázy – methylové skupiny
   5. Transacetylázy – acetylové skupiny
4. Štěpení nebo tvorba řetězce C-C vazby
   1. Desmolázy
5. Změna geometrie nebo struktury molekuly
   1. Izomerázy
6. Spojení dvou molekul hydrolýzou pyrofosfátové vazby v ATP nebo jiném trifosfátu
   1. Ligázy