Ciudad de Boerne contra Flores, caso en el que el Tribunal Supremo de Estados Unidos, el 25 de junio de 1997, dictaminó (6-3) que la Ley de Restauración de la Libertad Religiosa (RFRA) de 1993 excedía las competencias del Congreso. Según el tribunal, aunque la ley era constitucional en lo que respecta a las acciones federales, no podía aplicarse a los estados.
En Boerne, Texas, la iglesia católica local, un edificio tradicional de estilo adobe, se había quedado pequeña para su congregación, y en 1993 Patrick F. Flores, el arzobispo de San Antonio, solicitó un permiso para ampliar la iglesia. El ayuntamiento denegó el permiso, alegando una ordenanza destinada a preservar su distrito histórico. Flores presentó una demanda, alegando que la denegación del permiso violaba la RFRA, que establece que «el gobierno no impondrá una carga sustancial al ejercicio de la religión de una persona, incluso si la carga resulta de una norma de aplicación general». La ley se aplicaba a los gobiernos federal y estatal.
La RFRA llegó tres años después del caso de la División de Empleo, Departamento de Recursos Humanos de Oregón contra Smith (1990), en el que el Tribunal Supremo dictaminó que un estado podía denegar las prestaciones de desempleo a los miembros de la Iglesia Nativa Americana que habían sido despedidos de su trabajo porque ingerían peyote con fines sacramentales; el tribunal explicó que las leyes que son oficialmente neutrales con respecto a la religión pueden ser aplicadas por el gobierno. En respuesta, el Congreso aprobó la RFRA, que hace más difícil que los gobiernos anulen las libertades religiosas. Al extender la ley a los gobiernos estatales, el Congreso se basó en la Sección 5 de la Decimocuarta Enmienda, que le otorgaba el poder de aplicar las disposiciones de dicha enmienda; la Decimocuarta Enmienda exige el debido proceso antes de privar a cualquier persona de la vida, la libertad o la propiedad, así como la igualdad de protección ante la ley.
En Flores, un tribunal federal de distrito falló a favor de Boerne, sosteniendo que la RFRA era inconstitucional. Sin embargo, el Tribunal de Apelaciones del Quinto Circuito revocó la decisión al considerar que la ley era constitucional.
El caso fue argumentado ante la Corte Suprema el 19 de febrero de 1997. Sostuvo que el Congreso no tiene una discreción ilimitada para promulgar leyes en virtud de la Sección 5 de la Decimocuarta Enmienda. El Congreso sólo tiene poder para hacer cumplir las disposiciones, sostuvo el tribunal, pero no puede modificar el derecho que está haciendo cumplir. En efecto, el Congreso tiene poder correctivo para evitar los abusos en virtud de la Decimocuarta Enmienda. Para ilustrar este punto, el tribunal citó la Ley de Derecho al Voto de 1965. El tribunal ha defendido esa ley en varios casos, al considerar que el Congreso tiene derecho a promulgar «medidas correctivas y preventivas» enérgicas para corregir la «discriminación racial generalizada y persistente» en Estados Unidos. Sin embargo, en el caso de la RFRA, el tribunal consideró que los antecedentes legislativos de la ley carecían de «ejemplos de leyes de aplicación general aprobadas a causa del fanatismo religioso en los últimos 40 años». Además, el tribunal consideró que la ley era «tan desproporcionada con respecto a un supuesto objeto correctivo o preventivo que no puede entenderse que responda a un comportamiento inconstitucional o que esté diseñada para evitarlo».
Además, el tribunal consideró que la RFRA era demasiado amplia y llevaría a la intrusión en todos los niveles del gobierno. El tribunal se preguntaba cómo determinaría si la acción gubernamental suponía una carga sustancial para la libertad religiosa de una persona. El tribunal concluyó que la RFRA era «una intrusión considerable del Congreso en las prerrogativas tradicionales y la autoridad general de los Estados» y, por tanto, era inconstitucional cuando se aplicaba a los estados. La decisión del Quinto Circuito fue revocada.