Andres Bonifacio nació en Tondo, Manila, el 30 de noviembre de 1863. Creció en los barrios bajos y conoció por experiencia práctica las condiciones reales de la lucha de clases en su sociedad. Huérfano a temprana edad, interrumpió sus estudios primarios para ganarse la vida como artesano y luego como empleado-mensajero y agente de empresas comerciales extranjeras en Manila. Absorbiendo las enseñanzas del racionalismo clásico de las obras de José Rizal, Los Miserables de Víctor Hugo, El judío errante de Eugène Sue, libros sobre la Revolución Francesa y las vidas de los presidentes de Estados Unidos, Bonifacio adquirió una comprensión de la dinámica del proceso sociohistórico. Esto le llevó a unirse a la Liga Filipina, que Rizal organizó en 1892 con el propósito de unir e intensificar el movimiento nacionalista por las reformas.
Cuando la Liga se disolvió tras el arresto y el destierro de Rizal, Bonifacio formó el Katipunan en 1892 y así proporcionó el punto de encuentro para la agitación del pueblo por la libertad, la independencia y la igualdad. El Katipunan siguió los ritos de iniciación de la masonería, pero sus principios ideológicos derivaron de la Revolución Francesa y pueden considerarse radicales por su orientación materialista-histórica. El Katipunan exaltaba el trabajo como fuente de todo valor. Dirigía la atención a la injusta estructura de clases del sistema colonial, a la creciente explotación de la población indígena y, en consecuencia, a la necesidad de afirmar la fuerza colectiva de las masas trabajadoras para destruir el inicuo sistema.
Cuando se descubrió la sociedad, el 19 de agosto de 1896, tenía unos 10.000 miembros. El 23 de agosto Bonifacio y sus seguidores se reunieron en Balintawak y acordaron iniciar la lucha armada. Dos días más tarde tuvo lugar la primera escaramuza y pronto siguió un reino de terror por parte de los españoles.
El conflicto dividió a los rebeldes en los dos grupos de Magdiwang y Magdalo en Cavite, en Luzón. Bonifacio fue invitado a mediar, pero fue rechazado por la clase media de Cavite. Juzgando los planes de Bonifacio como divisivos y perjudiciales para la unidad, el general Emilio Aguinaldo, presidente electo del gobierno revolucionario provisional, ordenó la detención, el juicio y la ejecución por «traición y sedición» de Bonifacio y sus hermanos. El 10 de mayo de 1897, Bonifacio fue ejecutado.
Contrariamente a la opinión popular, la causa de la trágica muerte de Bonifacio a manos de otros rebeldes filipinos no puede atribuirse únicamente a su propio orgullo personal. Más bien, la correlación de fuerzas de clase y la tendencia aventurera del grupo de Bonifacio condujeron a su aislamiento y posteriormente a los compromisos de Aguinaldo con los invasores militares estadounidenses.