1932 startades Indian Express av en ayurvedisk läkare, P. Varadarajulu Naidu, i Chennai och publicerades av hans ”Tamil Nadu”-press. Han fick snart ekonomiska svårigheter och sålde tidningen till Swaminathan Sadanand, grundaren av The Free Press Journal, en nationell nyhetsbyrå. År 1933 öppnade Indian Express sitt andra kontor i Madurai och lanserade den tamilska utgåvan Dinamani. Sadanand införde flera innovationer och sänkte priset på tidningen. När han ställdes inför ekonomiska svårigheter sålde han en del av sin andel till Ramanath Goenka i form av konvertibla skuldebrev. När The Free Press Journal slutligen kollapsade 1935, och efter en utdragen rättstvist med Goenka, förlorade Sadanand äganderätten till Indian Express. År 1939 köpte Goenka Andhra Prabha, en annan framstående telugutidning. Namnet Three Musketeers användes ofta för de tre dagstidningarna, nämligen Indian Express, Dinamani och Andhra Prabha.
År 1940 brann hela lokalen ner. The Hindu, en rivaliserande tidning, hjälpte avsevärt till att återlansera tidningen genom att få den tryckt tillfälligt i en av sina Swadesimithrans pressar och senare erbjuda sina nyligen utrymda lokaler på 2, Mount Road, på hyra till Goenka, som senare blev landmärket Express Estates. Denna omlokalisering hjälpte också Expressen att skaffa bättre höghastighetstryckmaskiner. Distriktsdomaren som undersökte branden drog slutsatsen att en kortslutning eller ett cigarettfimpar kunde ha antänt branden och menade att den växande staden hade otillräckligt stöd för brandbekämpning. År 1952 hade tidningen en upplaga på 44 469.
Efter Ramnath Goenkas död 1991 delade två av barnbarnen, Manoj Kumar Sonthalia och Vivek Goenka, upp koncernen i två delar. Indian Express Mumbai med alla nordindiska utgåvor gick till Vivek Goenka, och alla sydliga utgåvor som var grupperade som Express Publications Madurai Limited med Chennai som huvudkontor gick till MK Sonthalia. Indian Express började publicera sig dagligen på Internet den 8 juli 1996. Fem månader senare hade webbplatsen expressindia.com ”700 000 besök varje dag, utom på helgerna då antalet besök sjönk till 60 % av den normala nivån”.