MO > MO2 > NMM
Du måste använda MO2 med Fallout 4, eftersom vanlig MO inte fungerar. För alla andra spel kan du bara använda den vanliga MO.
Jag använde NMM till en början, trots att folk sa åt mig att börja med MO (jag spelade Skyrim först så jag använde MO). Allt verkade bra i början med bara några få mods men när jag väl hade över 100 mods märkte jag att många problem dök upp. Jag insåg att det berodde på att NMM inte installerar de flesta mods ordentligt och definitivt inte uppdaterar/uppgraderar mods ordentligt, och därför är MO (eller MO2 för Fallout 4) bättre. MO och MO2 installerar mods virtuellt och ändrar faktiskt inte spelets filstruktur, så det är mycket enkelt att installera, uppgradera, slå samman och avinstallera mods utan allvarliga problem. Efter att ha slösat alldeles för många timmar att räkna på att försöka åtgärda problemen med hjälp av NMM gav jag till slut upp och lyssnade på alla de människor som sa åt mig att använda MO från början och jag bytte. Det var en plåga i början eftersom jag redan hade några hundra timmar på min Skyrim-karaktär, men jag lyckades överföra allt från NMM till MO och få allt att fungera. Det var inte förrän jag fick allt konfigurerat i MO som jag insåg att mer än hälften av mina mods inte ens var installerade eller uppgraderade ordentligt i NMM. MO/MO2 verkade väldigt förvirrande vid första anblicken men det räckte med att titta på en snabb YouTube-video för att komma på hur man använder det på rätt sätt. Alla som använder mer än ett fåtal moddar bör definitivt använda MO/MO2 framför NMM. Använd MO2 för Fallout 4 och använd MO för Skyrim och alla andra spel med mods.
Du kanske vill ta en titt på det här inlägget och det där inlägget som båda i huvudsak ställer samma fråga som du gjorde.