Många historiker anser att Lee är upphovsmannen till modern kriskommunikation. Hans främsta konkurrent i den nya pr-branschen var Edward Bernays, och han har tillskrivits att han påverkade Pendleton Dudley att ge sig in på det då spirande fältet.
År 1914 skulle han ge sig in i pr-branschen i mycket större skala när han anlitades av John D. Rockefeller Jr. för att representera sin familj och Standard Oil (”för att putsa upp familjens image”), efter att de på ett blodigt sätt hade slagit ned på strejken i kolgruvorna i Colorado, som kallades för ”Ludlow-massakern”. Lee varnade för att Rockefellers höll på att förlora allmänhetens stöd på grund av att de hade beordrat en massaker på strejkande arbetare och deras familjer (samt bränt deras hem). Han utvecklade en strategi som Junior följde för att reparera det. Det var nödvändigt för Junior att övervinna sin blyghet, åka personligen till Colorado för att träffa gruvarbetarna och deras familjer, inspektera förhållandena i hemmen och på fabrikerna, delta i sociala evenemang och lyssna på klagomålen (allt medan han fotograferades för pressmeddelanden). Detta var ett nytt råd och väckte stor uppmärksamhet i media, vilket öppnade vägen för att tapetsera över konflikten och presentera en mer humaniserad version av de rika Rockefellers.
Lee styrde PR-arbetet för Rockefellers och deras företagsintressen, bland annat genom att vara starkt involverad i byggandet av Rockefeller Center, även efter det att han gått vidare för att starta sin egen konsultfirma. Han var den person som uppmärksammade Junior på den ursprungliga, ofinansierade planen för Metropolitan Operas expansion, och han övertalade Junior att döpa om centret efter familjen mot dennes vilja.
Lee blev en av de första medlemmarna i Council on Foreign Relations i USA när det inrättades i New York 1921. I början av 1920-talet främjade han vänskapliga förbindelser med Sovjetryssland. År 1926 skrev Lee ett berömt brev till ordföranden för den amerikanska handelskammaren där han presenterade ett övertygande argument för behovet av att normalisera de politiska och ekonomiska förbindelserna mellan USA och Sovjetunionen.
Hans förmodade instruktion till sonen till standardoljeförmögenheten var att hädanefter eka i PR-branschen: ”Säg sanningen, för förr eller senare kommer allmänheten att få reda på det ändå. Och om allmänheten inte gillar det du gör, ändra din politik och få den att stämma överens med vad folk vill ha”. Sammanhanget av citatet sades vara apokryf och spreds av Lee som egenreklam, vilket gjorde det både berömt och ökänt.
Lee anses vara fader till den moderna PR-kampanjen när han 1913-1914 framgångsrikt lobbade för en höjning av järnvägstaxan från en motsträvig federal regering.
Lee förespråkade en filosofi som överensstämde med vad som ibland har kallats ”tvåvägsgatan” när det gäller PR, där PR består i att hjälpa kunderna att lyssna och kommunicera budskap till sin publik. I praktiken ägnade sig Lee dock ofta åt envägspropaganda på uppdrag av klienter som föraktades av allmänheten. Strax före sin död 1934 hade den amerikanska kongressen undersökt hans arbete i Nazityskland för företaget IG Farben.
Lee arbetade också för Bethlehem Steel Corporation, där han som bekant gav cheferna rådet att varje dag lista och numrera sina högsta prioriteringar och att arbeta med uppgifterna i den ordning de är viktiga tills den dagliga tiden tillåter det, och att inte gå vidare förrän en uppgift är slutförd. För detta förslag betalade företagets chef Charles M. Schwab honom senare 25 000 dollar (motsvarande 400 000 dollar i 2016 års dollar) och sade att det hade varit det mest lönsamma råd han hade fått. Under sin karriär var han också PR-rådgivare åt George Westinghouse, Charles Lindbergh, John W. Davis, Otto Kahn och Walter Chrysler.