Med undantag för några av de enzymer som ursprungligen studerades, t.ex. pepsin, rennin och trypsin, slutar de flesta enzymnamn på ”ase”. International Union of Biochemistry (I.U.B.) tog initiativ till standarder för enzymnomenklatur som rekommenderar att enzymnamnen anger både det substrat som ageras och den typ av reaktion som katalyseras. Enligt detta system kallas enzymet urikas för urat: O2 oxidoreduktas, medan enzymet glutamisk oxaloacetisk transaminas (GOT) kallas L-aspartat: 2-oxoglutarat aminotransferas.

Enzymer kan klassificeras efter den typ av kemisk reaktion som katalyseras.

1. Tilläggning eller avlägsnande av vatten
   1. Hydrolaser – dessa inkluderar esteraser, kolhydraser, nukleaser, deaminaser, amidaser och proteaser
   2. Hydraser såsom fumaras, enolas, aconitas och kolsyreanhydras
2. Överföring av elektroner
   1. Oxidaser
   2. Dehydrogenaser
3. Överföring av en radikal
   1. Transglykosidaser – av monosackarider
   2. Transfosforylaser och fosfomutaser – av en fosfatgrupp
   3. Transaminaser – av en aminogrupp
   4. Transmetylaser – av en fosfatgrupp
   5. av en metylgrupp
   6. Transacetylaser – av en acetylgrupp
4. Splitning eller bildande av en C-C-bindning
   1. Desmolaser
5. Förändring av en molekyls geometri eller struktur
   1. Isomeraser
6. Förbindning av två molekyler genom hydrolys av pyrofosfatbindningen i ATP eller andra trifosfater
   1. Ligaser