De första valen sedan de ödesdigra valen 1936 hölls i mars 1946. Dessa var bristfälliga och resulterade, med den yttersta vänstern som avstod från att rösta, i en svepande seger för den rojalistiska högern. I september utfärdade en folkomröstning en röst för kung George II:s återkomst; han dog inom sex månader och hans bror Paul efterträdde honom. Mot denna bakgrund gled landet mot inbördeskrig, eftersom den yttersta vänstern var osäker på om den skulle arbeta inom det politiska systemet eller göra ett väpnat försök att ta makten.

Vändpunkten kom när en kommunistkontrollerad demokratisk armé upprättades i oktober 1946, och året därpå upprättade kommunisterna en provisorisk demokratisk regering. Även om kommunisterna var kraftigt underlägsna i antal kunde de – med logistiskt stöd från de nyetablerade kommunistregimerna i norr, i kombination med skicklig användning av gerillataktik – kontrollera ett stort område i norra Grekland under en betydande tidsperiod. Efter att Truman-doktrinen utfärdades i mars 1947, där man utlovade stöd till ”fria folk” i deras kamp mot intern subversion, började tidvattnet gradvis att vända. Förenta staterna, som tog över Storbritanniens tidigare mantel som Greklands främsta externa beskyddare, tillhandahöll snart militär utrustning och råd. Det amerikanska ingripandet och konsekvenserna av brytningen mellan Josip Broz Tito (under vars ledning den jugoslaviska staten så småningom skulle förenas) och Stalin, i kombination med fraktionalism och ändrad militärtaktik på vänsterkanten, bidrog alla till att den kommunistiska gerillan besegrades sommaren 1949.

Grekland kom ut ur det mödosamma 1940-talet i ett tillstånd av förödelse. Den politiska regimen efter inbördeskriget var tydligt auktoritär, och från mitten av 1950-talet genomgick Grekland en snabb men ojämnt fördelad process av ekonomisk och social utveckling och överträffade vida sina kommunistiska grannar i norr i levnadsstandard. Befolkningen i Aten mer än fördubblades mellan 1951 och 1981, och i början av 1990-talet var ungefär en tredjedel av hela befolkningen koncentrerad till huvudstadsområdet. Men om urbaniseringen gick snabbt framåt och levnadsstandarden steg snabbt misslyckades landets politiska institutioner med att hålla jämna steg med den snabba förändringen. Högern behöll ett fast grepp om makten under större delen av perioden 1952-1963 och var inte alltför försiktig med de medel den använde för att behålla den.

I början av 1960-talet hade dock väljarkåren – som nu även omfattade kvinnor – blivit alltmer desillusionerad av det repressiva arvet från inbördeskriget och sökte förändring. Georgios Papandreou, vars centerunionsparti säkrade en svepande seger 1964, svarade på detta behov som premiärminister, men löftet om reformer och modernisering kastades åt sidan med förnyad kris på Cypern, och grupper inom armén konspirerade för att undergräva landets demokratiska institutioner. En gerillakampanj på Cypern – som från mitten av 1950-talet och framåt med ihärdighet och hänsynslöshet fördes av den grekcypriotiske generalen Georgios Grivas – hade 1960 resulterat i att britterna inte medgav den union med den grekiska staten som den överväldigande grekcypriotiska majoriteten på ön eftersträvade, utan i stället självständighet. Inom tre år hade dock de utarbetade arrangemangen för maktdelning mellan den grekiska majoriteten och den turkiska minoriteten på ön kollapsat.

Under och efter inbördeskriget hade Greklands väpnade styrkor kommit att betrakta sig själva inte bara som landets väktare mot utländsk aggression, utan också som dess försvarare mot intern omstörtning. De betraktade i allt högre grad Georgios Papandreou som en förföljande häst för hans mycket mer radikala amerikanskutbildade son, Andreas Papandreou, som hade återvänt till Grekland och anslutit sig till sin fars regering.

I april 1967 inledde officerare på mellannivå under ledning av överste Georgios Papadopoulos en kupp som syftade till att omintetgöra en förväntad seger för Centernunionen i de val som planerades till maj samma år. Konspiratörerna drog fördel av en långvarig politisk kris, som hade sitt ursprung i en tvist mellan den unge kung Konstantin II, som hade efterträtt sin far, kung Paul, på tronen 1964, och hans premiärminister Georgios Papandreou. ”Överstarna”, som militärjuntan kom att kallas, styrde landet illa mellan 1967 och 1974 genom att växla mellan en tungrodd och absurd politik. Efter en misslyckad motkupp i december 1967 gick kung Konstantin i exil och Papadopoulos blev regent. År 1973 avskaffades monarkin och Grekland förklarades vara en republik. Efter studentprotester, som slogs ner med våld, störtades Papadopoulos samma år inom juntan och ersattes av den ännu mer repressiva general Demetrios Ioannidis, chef för den mycket fruktade militärpolisen.

I juli 1974, i kölvattnet av en alltmer bitter tvist mellan Grekland och Turkiet om oljerättigheter i Egeiska havet, inledde Ioannidis, som sökte en nationalistisk triumf, en kupp för att avsätta Makarios III, ärkebiskop och Cyperns president sedan 1960. Makarios överlevde, men kuppen utlöste en invasion av den norra delen av ön av Turkiet, som tillsammans med Storbritannien och Grekland stod som garant för 1960 års konstitutionella överenskommelse. Den turkiska armén ockuperade nästan två femtedelar av öns landyta, trots att den turkiska befolkningen utgjorde mindre än en femtedel av den totala befolkningen. Ioannidis reagerade på den turkiska invasionen genom att mobilisera för krig mot Turkiet. Mobiliseringen visade sig dock vara kaotisk och regimen, bittert impopulär på hemmaplan och totalt isolerad diplomatiskt, kollapsade.