Imperial woodpecker är officiellt listad som ”kritiskt hotad (möjligen utdöd)” av IUCN och BirdLife International. Den var historiskt sett inte en sällsynt art inom en lämplig livsmiljö, men den totala populationen har troligen aldrig uppgått till mer än 8 000 individer (Lammertink et al. 1996). Eventuella återstående populationer antas vara mycket små (färre än 50 fullvuxna individer) på grund av bristen på bekräftade uppgifter sedan 1956. Analyser av återstående livsmiljöer visar att det inte finns några områden kvar som är tillräckligt stora för att försörja arten. Den sista bekräftade registreringen gjordes i Durango 1956, och det är mycket troligt att arten nu är utdöd. Om arten har dött ut beror det på förstörelse och fragmentering av livsmiljöer i kombination med jakt. Dessa faktorer är anledningen till att arten inte har setts på över 60 år, även om det finns lokala rapporter om observationer. Forskarna tror att deras nedgång också påskyndades av aktiva utrotningskampanjer som genomfördes av skogsbruksintressen, av överdriven jakt – för att användas i folkmedicin och för att ungar betraktades som en delikatess av Tarahumara-folket. Den har jagats för sport, mat och medicinska ändamål under lång tid, och fjädrar och näbbar rapporteras ha använts i ritualer av Tepheuana- och Huichol-stammarna i södra Durango. Dessutom är kejsarspettar fantastiska fåglar, och när arten blev alltmer sällsynt sköts tydligen många av dem av människor som aldrig hade stött på en sådan fågel och som ville titta närmare på den.
Habitatet som kejsarspetten befann sig i var huvudsakligen i barrskogar (terrängnivåer på 2 700-2 900 meters höjd). Området där de levde var rikt på stora döda träd, vilket kan kopplas till deras utdöende. Området hade röjts och avverkats flera gånger fram till 2010. Ökade insatser inom bevarandebiologin ägnas åt analys av utdöenderisken samt åt att söka efter de sällsynta, länge okända arterna. Det finns en handfull nyare, obekräftade observationer, varav den senaste följde tätt efter offentliggörandet 2005 av den påstådda återupptäckten av den elfenbensnäbbade hackspetten. Lammertink et al. (1996) drar efter en omfattande genomgång av rapporter från tiden efter 1956 slutsatsen att arten faktiskt överlevde in på 1990-talet i den centrala delen av sitt utbredningsområde, men anser också att en fortsatt överlevnad är mycket osannolik. Enligt dem var populationen alltid begränsad under historisk tid, även om arten faktiskt förekom i maximal täthet före en katastrofal nedgång under 1950-talet. Avsaknaden av bra uppgifter från den tiden beror tydligen mer på bristande forskning än på faktisk sällsynthet, men detta tycks ha förändrats radikalt bara ett decennium senare.
Fältforskning av Tim Gallagher och Martjan Lammertink, som rapporteras i Gallaghers bok från 2013, fann bevis – i form av redogörelser från äldre invånare i fågelns utbredningsområde, som sett kejsarspettar årtionden tidigare och som diskuterade sina minnen med forskarna – för att skogsbrukare som arbetade med mexikanska skogsbolag på 1950-talet berättade för lokalbefolkningen att hackspettarna förstörde värdefullt timmer, och uppmuntrade befolkningen att döda fåglarna. Som en del av denna kampanj gav skogsarbetarna lokalbefolkningen gift som de kunde smeta på träden som fåglarna födosökte på. Eftersom grupper av kejsarspettar tenderade att livnära sig på en enda stor, död, gammal tall i upp till två veckor, skulle gift på ett sådant träd vara ett effektivt sätt att utrota en grupp på upp till ett dussin av dessa enorma hackspettar – och kanske till och med att utrota efterföljande grupper av fåglar som flyttade in i området och lockades till samma träd. Gallagher misstänker att en sådan förgiftningskampanj kan vara nyckeln till artens uppenbart katastrofala populationskollaps på 1950-talet, som hittills saknat en tillfredsställande förklaring. En förgiftningskampanj kan mycket väl ha dödat hela grupper av fågeln på kort tid. Förutsättningen att skydda värdefullt virke från hackspettarna var i själva verket grundlös. Kejsarspettar födosöker inte på, och gräver inte ut bo- eller sovhål i levande, friska träd.
I Gallaghers roman The Grail Bird (2006) diskuterar han hur svårt det är att leta efter kejsarspetten på grund av dess farliga läge. I Mexikos Sierra Madre Occidental finns det stora områden där man odlar marijuana och opiumvallmo som patrulleras av beväpnade vakter. Narkotikakartellerna dödar ofta alla som kommer för nära deras grödor.
En sökning i den online-exemplardatabasen VertNet, som omfattar flera institutioner, visar att det endast finns 144 fysiska exemplar av kejsarspett, varav endast tre kända kompletta skelett. Ett förbisett spettskelett från Natural History Museum i Tring tycks också tillhöra arten. Arten är också känd från en enda amatörfilm från 1956 som visar en fågel som klättrar, söker föda och flyger. Filmen har restaurerats och släppts av Cornell University. Gallaghers inspiration till att söka efter kejsarspetten var upptäckten av denna film från 1956 av tandläkaren William Rhein, som gjort flera resor till Mexiko i jakt på kejsarspetten. Detta är den enda kända fotografiska upptagningen av arten.