BakgrundRedigera
En verklig förståelse för celldifferentiering i immunsystemet kräver ett allmänt perspektiv på den transkriptionella profilen för varje celltyp i det adaptiva och medfödda immunsystemet, och hur dessa profiler utvecklas genom celldifferentiering eller aktivering av immunogena eller tolerogena ligander. ImmGen-projektet syftar till att upprätta en färdplan för dessa transkriptionstillstånd.
Kompendium för genuttryckEdit
Det första målet med ImmGen är att generera ett kompendium av transkriptionsprofiler för hela arvsmassan (ursprungligen med hjälp av mikroarray, numera mestadels med hjälp av RNA-sekvensering) för nästan alla karakteriserade cellpopulationer i det adaptiva och medfödda immunförsvaret hos musen, i de viktigaste stadierna av differentiering och aktivering. Detta arbete utförs av en grupp samarbetande immunologiska forskningslaboratorier runt om i USA. Varje laboratorium har en unik expertis inom en viss cellinje, och alla använder standardiserade förfaranden för cellsortering. Kompendiet av mikroarray-data omfattar för närvarande över 250 immunologiskt relevanta celltyper, från alla lymfoida organ och andra vävnader som övervakas av immunceller.
PublikationerRedigera
En serie ImmGen-rapporter publicerades i takt med att kompendiet ackumulerades. I vissa linjespecifika rapporter beskrevs hematopoietiska stamceller, naturliga mördarceller, neutrofiler, B- och T-celler, naturliga mördarceller, makrofager, dendritiska celler, alfa-beta-T-celler, gamma-delta-T-celler, aktiverade CD8-T-celler, medfödda lymfoceller och stromaceller i lymfkörteln.Även om de flesta transkriptionsprofileringarna utfördes på B6-möss studerades även effekten av genetiska variationer.I den andra fasen av ImmGen inleddes profileringen av aktiverade immunceller. Interferonsvaret användes som testfall.
Bioinformatisk modell för genregleringsnätverkRedigera
Vissa grupper av samverkande beräkningsbiologer (Regev & Koller) använde data för att bakåtkompilera det genetiska regleringsnätverket i immunceller och jämföra det med det mänskliga immunförsvaret En första kartläggning av differentiell splicing mellan olika immunlinjer utfördes med hjälp av både mikroarrayer och RNA-sekvensering.
Visuell representation av dataEdit
Projektdeltagare från Brown Universitys avdelning för datavetenskap utforskar också nya representationsformer för ImmGen-data och utvecklar och förvaltar den offentliga representationen.
MedlemmarEdit
De deltagande immunologilaboratorierna omfattar Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (aktiverade CD8 T-celler, UCSD, San Diego), Kang (gamma-delta T-celler, UCSD, San Diego) och Kang (gamma-delta T-celler, UCSD, San Diego). Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, San Francisco), Mathis/Benoist (alfa-beta-T-celler, HMS, Boston), Merad och Randolph (monocyter & makrofager, Mount Sinai, New York och Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston) och Wagers (HSC, Joslin, Boston).
Tragiskt nog avled Richard (Randy) Hardy (Fox Chase, Philadelphia), som var medlem i Immgen sedan starten, i juni 2016.
Nuvarande statusRedigera
I augusti 2016 har Immgen profilerat mer än 250 naiva cellpopulationer i musen med hjälp av mikroarrayer, och flera dussin aktiverade celltyper med hjälp av RNA-sekvensering.