Immunocytokemi skiljer sig från immunohistokemi genom att immunohistokemi utförs på prover av intakta celler där det mesta, om inte allt, av den omgivande extracellulära matrisen har avlägsnats. Detta inkluderar enskilda celler som har isolerats från ett block av fast vävnad, celler som odlats i en kultur, celler som deponerats från suspension eller celler som tagits från ett utstryk. Immunohistokemiska prover är däremot sektioner av biologisk vävnad, där varje cell är omgiven av vävnadsarkitektur och andra celler som normalt finns i den intakta vävnaden. immunocytokemi är en teknik som används för att bedöma närvaron av ett specifikt protein eller antigen i celler (odlade celler, cellsuspensioner) med hjälp av en specifik antikropp, som binder till det, vilket gör det möjligt att visualisera och undersöka det i ett mikroskop. Det är ett värdefullt verktyg för att bestämma cellinnehåll från enskilda celler. Prover som kan analyseras är bl.a. blodutstryk, aspirat, svabbningar, odlade celler och cellsuspensioner.

Det finns många sätt att förbereda cellprover för immunocytokemisk analys. Varje metod har sina egna styrkor och unika egenskaper så att rätt metod kan väljas för det önskade provet och resultatet.

Celler som ska färgas kan fästas på ett fast stöd för att möjliggöra enkel hantering i efterföljande procedurer. Detta kan åstadkommas med flera metoder: adherenta celler kan odlas på mikroskopglas, täckglas eller ett optiskt lämpligt plaststöd. Suspensionsceller kan centrifugeras på glasobjektsglas (cytospin), bindas till ett fast underlag med hjälp av kemiska bindemedel eller i vissa fall hanteras i suspension.

Koncentrerade cellsuspensioner som existerar i ett lågvisköst medium är bra kandidater för utstryksförberedelser. Utspädda cellsuspensioner som existerar i ett utspätt medium är bäst lämpade för beredning av cytospins genom cytocentrifugering. Cellsuspensioner som finns i ett medium med hög viskositet lämpar sig bäst för att testas som svabbpreparat. Det är en konstant egenskap hos dessa preparat att hela cellen finns på objektglasets yta. För att en intercellulär reaktion skall kunna äga rum måste immunoglobulinet först passera cellmembranet som är intakt i dessa preparat. Reaktioner som äger rum i kärnan kan vara svårare, och extracellulära vätskor kan skapa unika hinder för immunocytokemi. I denna situation blir det nödvändigt att permeabilisera cellerna med hjälp av detergent (Triton X-100 eller Tween-20) eller att välja organiska fixeringsmedel (aceton, metanol eller etanol).

Antikroppar är ett viktigt verktyg för att påvisa både närvaron och den subcellulära lokaliseringen av ett antigen. Cellfärgning är en mycket mångsidig teknik och kan, om antigenet är starkt lokaliserat, påvisa så få som tusen antigenmolekyler i en cell. Under vissa omständigheter kan cellfärgning också användas för att bestämma den ungefärliga koncentrationen av ett antigen, särskilt med hjälp av en bildanalysator.