Immunfenotypning är en teknik som används för att studera det protein som uttrycks av celler. Denna teknik används ofta inom grundforskning och laboratoriediagnostik. Detta kan göras på vävnadssnitt (färsk eller fixerad vävnad), cellsuspension etc. Ett exempel är detektion av tumörmarkörer, t.ex. vid diagnos av leukemi. Det innebär att vita blodkroppar märks med antikroppar som är riktade mot ytproteiner på deras membran. Genom att välja lämpliga antikroppar kan leukemicellernas differentiering bestämmas exakt. De märkta cellerna behandlas i en flödescytometer, ett laserbaserat instrument som kan analysera tusentals celler per sekund. Hela förfarandet kan utföras på celler från blod, benmärg eller ryggmärgsvätska på några timmar.

Ett exempel på information som tillhandahålls genom immunofenotypning: ”Den flödescytometriska immunofenotypningsrapporten visade att de maligna cellerna var positiva för CD19, CD10, dimCD20, CD45, HLA-DR och λ-immunoglobulinljuskedja. Det fanns ingen samexpression av CD5 eller CD23 av den monoklonala B-cellspopulationen.”

Immunofenotypning är ett mycket vanligt flödescytometritest där fluoroförekonjugerade antikroppar används som prober för att färga målceller med hög aviditet och affinitet. Denna teknik möjliggör snabb och enkel fenotypning av varje cellinje i ett heterogent prov enligt närvaron eller frånvaron av en proteinkombination. På så sätt ökar synligheten i komplexa prover.