Joly lämnade Vivendi 2004 för att bli VD och koncernchef för CWT. I januari 2008 tillkännagavs Joly som VD och koncernchef för Carlson Companies, ett amerikanskt privatägt internationellt konglomerat inom hotell-, rese- och restaurangfranchisebranschen med mer än 175 000 anställda i mer än 160 länder och territorier. Han tillträdde i mars 2008 som ersättare för Marilyn Carlson Nelson, dotter till grundaren Curt Carlson. Under hans ledning ökade CWT sin årliga försäljning från 8,9 miljarder dollar 2003 till 25,5 miljarder dollar 2007.
Den 17 augusti 2012 avgick Joly från sin tjänst hos Carlson för att bli vd för Best Buy. Under Joly och hans Renew Blue-omvandling på Best Buy tredubblades företagets aktie under 2013 med fokus på att satsa på stormarknader, överlägsen kundservice, produktutbud och tjänster som Geek Squad. Enligt New York Times är Jolys främsta mål att matcha det lägsta priset, fast besluten att se till att en kund som kom till Best Buy som ett showroom inte har någon anledning att köpa någon annanstans. ”Strategin är mycket enkel”, sade han till New York Times 2012, strax efter att han tillträdde jobbet. ”Vi anser att priskonkurrens är en fråga om bordspengar. Det sätt på vilket vi vill vinna är kring rådgivning, bekvämlighet och service.”
Den 20 januari 2017 uppgav en rapport i den brasilianska tidningen Valor Economico att Joly övervägdes för vd-posten på Carrefour. Joly utfärdade ett uttalande: ”Det har förekommit rapporter om att jag är aktuell för en VD-roll i ett annat företag. Låt mig vara tydlig, jag är helt och hållet engagerad i Best Buy’s fortsatta omvandling och har absolut inga planer på att lämna företaget.”
Joly avgick som vd för Best Buy i juni 2019 för att bli verkställande ordförande för företaget. I juni 2020 avgick Joly som Executive Chairman och började undervisa vid Harvard Business School som Senior Lecturer of Business Administration. Han är fortfarande rådgivare till Best Buy’s VD och styrelse.
Joly är författare till den kommande boken The Heart of Business, som kommer att publiceras av Harvard Business Review Press den 4 maj 2021.