Hemagglutinin, någon av en grupp naturligt förekommande glykoproteiner som får röda blodkroppar (erytrocyter) att agglutinera eller klumpa ihop sig. Dessa ämnen finns i växter, ryggradslösa djur och vissa mikroorganismer. Bland de bäst karakteriserade hemagglutininerna finns de som förekommer som ytantigen (främmande proteiner som stimulerar produktionen av antikroppar) på virus i familjen Orthomyxoviridae, som innehåller influensavirus, och familjen Paramyxoviridae, som innehåller ett antal patogena virus, bland annat de som orsakar mässling.

Närvaron av hemagglutinin på influensavirusen gör det möjligt för virusen att binda sig till sialinsyra på ytorna av celler i värddjur. Denna bindning underlättar värdinfektion och bidrar därmed till virusens virulens. En liknande mekanism tros bidra till mässlingsvirusets smittsamma karaktär. Viralt hemagglutininin stimulerar produktionen av antikroppar i värdens immunsystem. Dessa antikroppar binder till en del av hemagglutinin-antigenet som kallas epitop, vilket gör att viruset kan förstöras av immunförsvaret. När det gäller influensavirus kan mutationer i de gener som kodar för hemagglutinin ge upphov till nya epitoper som gör det möjligt för viruset att undgå antikroppsigenkänning. Dessa mutationer kan vara resultatet av antigendrift eller antigenförskjutning – processer som kan ge upphov till influensavirus som kan orsaka epidemier eller pandemier. Det finns 16 former av hemagglutinin, betecknade H1 till H16, förknippade med influensa typ A virus. Tillsammans med olika former av ett viralt antigenprotein som kallas neuraminidas används hemagglutinin för att skilja mellan subtyper av influensa A-virus (t.ex. H1N1, H5N1).

Antikroppar mot virus som har hemagglutininantigener kan påvisas genom ett hemagglutininhämningstest. Om en person eller ett djur bär på sådana antikroppar förhindras agglutinering av röda blodkroppar (se serologiskt test)

.