Det visar också hur långsamma vissa stater är att svara på förfrågningar – Malta tog 67 dagar på sig att svara på kommissionens första brev, följt av 42 dagar för Cypern.
För sin del skickade Bulgarien ett brev i oktober 2019 till Europeiska kommissionen, som svarade en månad brev.
Six utbyttes med Bulgarien och nio vardera med Cypern och Malta, som sträcker sig från oktober 2019 till oktober 2020.
Frågan har nyligen fått Cypern och Malta att hamna inför EG-domstolen i Luxemburg på grund av passförsäljningen, som enligt kritiker lockar till sig personer med kriminell bakgrund.
En Al Jazeera-undersökning förra månaden avslöjade att höga cypriotiska tjänstemän diskuterade sätt att ge medborgarskap till en dömd brottsling.
Medjenätverket publicerade 1 400 läckta dokument som visade hur Cypern lät flyktingar få cypriotiskt – och därmed EU-medborgarskap.
Av de tre länderna var det Bulgarien som först lanserade sitt system 2005 och erbjöd människor medborgarskap i utbyte mot en investering på 1 miljon euro.
Detta medborgarskap ger dem sedan rätt att bo och arbeta var som helst i EU, vilket skapar potentiella säkerhetsrisker.
Europeiska kommissionen vägrade att lämna ut breven för närmare granskning med hänvisning till rättspraxis.
”Utbytet med Bulgarien är av strikt bilateral karaktär eftersom det endast omfattar kommissionen och den berörda medlemsstaten”, sade kommissionen som svar på en begäran om informationsfrihet.
Den lade fram liknande argument för Malta och Cypern och betonade att det inte fanns något övervägande allmänintresse av att lämna ut dem med tanke på de överträdelseförfaranden som tidigare inletts.
Kommissionen säger att systemen undergräver integriteten i fråga om statusen för EU-medborgarskap och fri rörlighet.
Det ger också människor, som inte hade någon koppling till EU innan de ibland betalade miljontals euro för passen, rösträtt.
Kommissionen är också orolig för att EU:s kandidatländer, liksom Storbritannien, ska använda sig av liknande system som erbjuder särskild tillgång till EU för potentiella framtida kunder.
Britannien är inte längre medlem i Europeiska unionen.
Justitiekommissionär Didier Reynders sade i oktober att systemen fortfarande används i dessa länder för att locka investerare genom deras privilegierade partnerskapsavtal eller olika anslutningsanbud till EU.