Publikationer
I ett tidigt verk, Libellus de lacte et operibus lactariis (1545), en medicinsk traktat om mjölkens förtjänster, inkluderade han ett brev till en vän där han hyllade bergen som ett av naturens största underverk. Denna hänvisning och en senare redogörelse för hans bestigning av berget Pilatus (1555) utgör en av de första uppteckningarna om bergsklättring.
1545 publicerade Gesner sin Bibliotheca universalis, den första bibliografin i sitt slag, med en alfabetisk förteckning över cirka 1 800 författare med titlar på deras verk, anteckningar, utvärderingar och kommentarer om varje uppslags art och förtjänst. Denna monumentala referens följdes 1548 av det encyklopediska verket Pandectarum sive Partitionum universalium Conradi Gesneri…libri xxi, där Gesner försökte kartlägga den registrerade kunskapen i världen under 21 rubriker. De första 19 böckerna publicerades 1548; den sista, som ägnades åt teologiskt tänkande, publicerades 1549, medan den 20:e, som handlade om medicin, aldrig blev färdig.
Gesners nästa monumentala prestation var ett kompendium av den registrerade kunskapen om djurlivet, Historiae animalium, där han försökte skilja observerade fakta från myter och folkliga felaktigheter. Den första volymen (1551), ett generöst illustrerat verk på 1 100 folio-sidor, handlade om viviparösa fyrfotade djur (fyrfotade djur som föder levande ungar). Senare volymer som ägnades åt oviparösa fyrfotadjur (de som kläcker sina ungar från ägg), fåglar samt fiskar och andra vattenlevande djur följde 1554, 1555 och 1556; den delvis färdigställda femte volymen, om ormar, publicerades postumt 1587.
Gesner färdigställde aldrig någon lika omfattande översikt över växtlivet, men hans anteckningar och omkring 1 500 träsnitt av växter och deras viktiga blommor och frön användes av andra författare i två århundraden efter hans död. Även om han under sin egen livstid var mest känd för sina botaniska verk, publicerade Gesner också Mithridates: de differentis linguis (1555), en redogörelse för cirka 130 då kända språk, och en utgåva (1556) av verk av den romerske blandskribenten Claudius Aelian från det tredje århundradet.