City of Boerne v. Flores, fall där USA:s högsta domstol den 25 juni 1997 beslutade (6-3) att Religious Freedom Restoration Act (RFRA) från 1993 överskred kongressens befogenheter. Enligt domstolen var lagen visserligen konstitutionell när det gäller federala åtgärder, men den kunde inte tillämpas på delstaterna.
I Boerne, Texas, hade den lokala katolska kyrkan, en traditionell byggnad i adobe-stil, blivit för liten för sin församling, och 1993 ansökte Patrick F. Flores, ärkebiskopen i San Antonio, om tillstånd för att bygga ut kyrkan. Stadsfullmäktige nekade tillståndet med hänvisning till en förordning som syftar till att bevara det historiska distriktet. Flores stämde och hävdade att avslaget på tillståndet stred mot RFRA, där det står att ”regeringen inte påtagligt får belasta en persons religionsutövning, även om belastningen beror på en regel av allmän tillämplighet”. Lagen gällde för den federala och delstatliga regeringen.
RFRA kom tre år efter Employment Division, Department of Human Resources of Oregon v. Smith (1990), där Högsta domstolen beslutade att en stat kunde neka arbetslöshetsunderstöd till medlemmar av den indianska kyrkan som hade blivit avskedade från sina arbeten på grund av att de intagit peyote i sakramentala syften; domstolen förklarade att lagar som är officiellt neutrala med avseende på religion kan tillämpas av regeringen. Som svar på detta antog kongressen RFRA, vilket gör det svårare för regeringar att åsidosätta religiösa friheter. När kongressen utvidgade lagen till att omfatta delstatsregeringar förlitade den sig på avsnitt 5 i det fjortonde tillägget, som gav den befogenhet att verkställa bestämmelserna i det tillägget; det fjortonde tillägget kräver ett vederbörligt förfarande innan någon person berövas livet, friheten eller egendomen, samt lika skydd enligt lagen.
I Flores dömde en federal distriktsdomstol till förmån för Boerne, och ansåg att RFRA var författningsstridig. Fifth Circuit Court of Appeals ändrade dock beslutet och fann lagen konstitutionell.
Målet diskuterades inför Högsta domstolen den 19 februari 1997. Den slog fast att kongressen inte har obegränsad frihet att stifta lagar enligt avsnitt 5 i det fjortonde tillägget. Kongressen har endast befogenhet att verkställa bestämmelserna, ansåg domstolen, men får inte ändra den rättighet som den verkställer. I själva verket har kongressen rättelsebefogenheter för att förhindra missbruk enligt det fjortonde tillägget. För att illustrera detta citerade domstolen lagen om rösträtt från 1965. Domstolen hade bekräftat den lagen i olika fall och funnit att kongressen hade rätt att vidta kraftfulla ”korrigerande och förebyggande åtgärder” för att korrigera ”utbredd och ihållande rasdiskriminering” i Förenta staterna. I fallet med RFRA fann domstolen emellertid att lagens lagstiftningshistoria saknade ”exempel på några exempel på allmänt tillämpliga lagar som antagits på grund av religiös bigotteri under de senaste 40 åren”. Vidare fann domstolen att lagen var ”så oproportionerlig i förhållande till ett förmodat avhjälpande eller förebyggande syfte att den inte kan uppfattas som svarande på, eller utformad för att förhindra, författningsstridigt beteende.”
Domstolen fann dessutom att RFRA var för omfattande och att den skulle leda till intrång på alla myndighetsnivåer. Domstolen undrade hur den skulle avgöra om statliga åtgärder väsentligt belastade en persons religionsfrihet. Domstolen drog slutsatsen att RFRA var ”ett betydande intrång från kongressens sida i delstaternas traditionella prerogativ och allmänna auktoritet” och att det därför var grundlagsstridigt när det tillämpades på delstaterna. Femte kretsens beslut upphävdes.