Östersjön, som är ett av världens största brackvattenområden, kan karakteriseras som ett ungt, kallt hav med ett utarmat ekosystem på grund av salthaltsstress. Det nuvarande Östersjön bildades så sent som för 2000 till 2500 år sedan när de danska sunden blev smalare och grundare. Inflödet av sötvatten från de omgivande landområdena gjorde att Östersjön gradvis fick sin bräckta karaktär. I dag täcker Östersjön en yta på cirka 366 000 km2 som en serie bassänger som skiljs åt av grundare områden och fylls med cirka 22 000 km3 bräckt vatten. Dessa bassänger är, från norr till söder, Bottenviken, Finska viken, Gotlandshavet och Bornholmshavet. Klimatgradienten sträcker sig från nästan arktiska förhållanden i den yttersta norr till ett mer maritimt klimat i de södra delarna. Nordsjöns saltvatten står i förbindelse med Östersjön genom det grunda Kattegatt och trösklarna i de danska sunden. Saltvatteninflödet sker på två olika sätt, dels som ett kontinuerligt flöde längs botten på grund av salthaltsgradienten, dels som saltvattenpulser som genereras av lufttrycksfördelningen och vindriktningen. Sötvattentillförseln (500 km3 ) från främst de stora floderna motsvarar ungefär nettoutflödet och förstärker den sydgående strömmen längs den svenska kusten som också kompenserar för saltvatteninflödet. Tidvattenrörelser kan ses i södra Östersjön, men är av mindre betydelse för systemet. Den totala vattenmassans uppehållstid är 25 år och de hydrografiska förhållandena i de olika bassängerna är stabila och domineras av en permanent haloklin och en termoklin som utvecklas varje vår. Salthalten varierar från cirka 1-2 promille i den innersta delen av Bottniska viken till 10-15 promille i Bornholmshavet. Total vertikal omblandning sker under vintern åtminstone i de norra delarna av havet. På grund av klimatgradienten varierar isförhållandena från cirka fyra månader med totalt istäcke i de inre delarna av Bottniska viken till en månad eller mindre med kustis i södra delen av Östersjön. Säsongseffekten är alltså mer uttalad i de norra delarna.
De levande systemen i Östersjön är reducerade och anpassade till dessa varierande förhållanden. När man jämför de djupare mjukbottnarna i Bottniska viken med resten av Östersjön kan man se följande mönster. Den pelagiska primärproduktiviteten ökar med en faktor 6 från norr till söder. De södra delarna av havet uppvisar en uttalad vårtopp, medan vårutvecklingen i norr fördröjs eller ersätts av ett sommarmaximum. Den totala ökningen av makrofaunabiomassan är slående, från cirka 1 g.m-2 (vikt) i norr till 100 g.m-2 (vikt) eller mer i söder. Biomassorna av meiofauna och zooplankton varierar mindre. Meiofaunan ökar med en faktor 2-4 och ger en biomassa som är ungefär dubbelt så stor som makrofaunans i den nordligaste delen. Den extremt låga salthalten i detta område gör att musslor (filtermatare) inte ingår i faunan. Tillgängliga uppgifter, tillsammans med meiofaunans höga ämnesomsättning, följer i stort sett förändringarna i primärproduktiviteten i Östersjön. Det förändrade förhållandet mellan makro- och meiofauna, liksom resultaten från intensiva studier av den makrobentiska amfipoden Pontoporeia affinis (Lindström), tyder på att makrofaunan huvudsakligen regleras av födobegränsning och att de bentiska och pelagiska systemen är nära sammankopplade.