Orașul Boerne v. Flores, caz în care Curtea Supremă a Statelor Unite a decis (6-3), la 25 iunie 1997, că Legea privind restaurarea libertății religioase (RFRA) din 1993 a depășit competențele Congresului. Potrivit instanței, deși legea era constituțională în ceea ce privește acțiunile federale, ea nu putea fi aplicată statelor.

În Boerne, Texas, biserica catolică locală, o clădire tradițională în stil adobe, devenise prea mică pentru congregația sa, iar în 1993 Patrick F. Flores, arhiepiscopul de San Antonio, a solicitat o autorizație pentru extinderea bisericii. Consiliul municipal a refuzat autorizația, invocând o ordonanță menită să protejeze districtul istoric. Flores a intentat un proces, susținând că refuzul autorizației a încălcat RFRA, care prevede că „guvernul nu va împovăra în mod substanțial exercitarea religiei de către o persoană, chiar dacă împovărarea rezultă dintr-o regulă de aplicabilitate generală”. Legea se aplică atât guvernului federal, cât și celui de stat.

RFRA a venit la trei ani după cazul Employment Division, Department of Human Resources of Oregon v. Smith (1990), în care Curtea Supremă a decis că un stat poate refuza acordarea de ajutoare de șomaj membrilor Bisericii Nativilor Americani care fuseseră concediați de la locul de muncă pentru că au ingerat peyote în scopuri sacramentale; instanța a explicat că legile care sunt oficial neutre în ceea ce privește religia pot fi aplicate de guvern. Ca răspuns, Congresul a adoptat RFRA, ceea ce face mai dificil pentru guverne să treacă peste libertățile religioase. În extinderea legii la guvernele de stat, Congresul s-a bazat pe secțiunea 5 a celui de-al paisprezecelea amendament, care îi dădea puterea de a pune în aplicare prevederile acelui amendament; al paisprezecelea amendament prevede un proces echitabil înainte de a priva orice persoană de viață, libertate sau proprietate, precum și protecție egală în fața legii.

În Flores, o instanță districtuală federală a decis pentru Boerne, susținând că RFRA era neconstituțională. Cu toate acestea, Curtea de Apel a celui de-al Cincilea Circuit a revenit asupra deciziei, considerând legea constituțională.

Cazul a fost susținut în fața Curții Supreme la 19 februarie 1997. Aceasta a susținut că Congresul nu are o discreție nelimitată de a promulga legi în temeiul Secțiunii 5 a celui de-al 14-lea Amendament. Congresul are doar puterea de a pune în aplicare prevederile, a susținut instanța, dar nu poate modifica dreptul pe care îl pune în aplicare. De fapt, Congresul are puterea de remediere pentru a preveni abuzurile în temeiul celui de-al 14-lea Amendament. Pentru a ilustra acest aspect, instanța a citat Legea privind dreptul la vot din 1965. Curtea a susținut această lege în diferite cazuri, constatând că Congresul are dreptul de a adopta „măsuri corective și preventive” puternice pentru a corecta „discriminarea rasială răspândită și persistentă” în Statele Unite. Cu toate acestea, în cazul RFRA, instanța a constatat că în istoricul legislativ al legii lipseau „exemple de cazuri de legi general aplicabile adoptate din cauza intoleranței religioase în ultimii 40 de ani”. Mai mult, instanța a constatat că legea era „atât de disproporționată față de un presupus obiect de remediere sau de prevenire, încât nu poate fi înțeleasă ca fiind receptivă la un comportament neconstituțional sau concepută pentru a-l preveni.”

În plus, instanța a constatat că RFRA era prea largă și ar duce la intruziune la fiecare nivel al guvernului. Instanța s-a întrebat cum va determina dacă o acțiune guvernamentală a împovărat în mod substanțial libertatea religioasă a unei persoane. Instanța a concluzionat că RFRA a fost „o intruziune considerabilă a Congresului în prerogativele tradiționale și în autoritatea generală a statelor” și, prin urmare, a fost neconstituțională atunci când a fost aplicată statelor. Decizia celui de-al cincilea circuit a fost infirmată.

.