Istorie timpurie
Când spaniolii au venit să colonizeze Honduras, pământul era ocupat de o varietate de popoare indigene, dintre care cei mai avansați erau mayașii. Aurul a stimulat cucerirea spaniolă a zonei la începutul secolului al XVI-lea, iar orașul aurifer hondurian Gracias a devenit capitala Americii Centrale spaniole (Audiencia de los Confines) în 1544. Până în 1548, însă, spaniolii au epuizat aurul, iar Santiago (Antigua Guatemala) a devenit noua capitală a Regatului Guatemala. Honduras, cu capitala la Comayagua și cu agricultura ca bază a economiei sale, a fost o provincie a acestui regat (audiencia) în cadrul Viceregatului Noii Spanii. În anii 1570, o descoperire de argint în zonele muntoase a adus o avalanșă de prospectori în Honduras, ceea ce a dus la apariția unui important centru de populație la Tegucigalpa, care a concurat ulterior, în special în secolul al XVIII-lea, cu Comayagua. Cu toate acestea, agricultura, baza economică durabilă a Americii Centrale, s-a dezvoltat lent în Honduras. Dezvoltarea societății spaniole în zona Hondurasului a fost împiedicată de atacurile de coastă ale piraților și bucureștenilor endemici în Marea Caraibelor și, în cele din urmă, de un efort concertat al Marii Britanii de a controla zonele de coastă din America Centrală. Pentru perioade îndelungate, spaniolii au utilizat o apărare blândă împotriva amenințării din Caraibe, retrăgându-se în zonele muntoase și în zonele de coastă din Pacific, care erau în general mai aproape de rețeaua lor de comunicații și transport. Astfel, britanicii au ajuns să controleze regiunea de coastă Mosquito din Caraibe. Popoarele Sambo-Miskito de pe coastă au fost aliații indispensabili ai britanicilor în acest demers. Cu toate acestea, în secolul al XVIII-lea, regii spanioli Bourbon au depus un efort susținut pentru a recupera zonele de coastă din Caraibe, iar succesul lor în Golful Honduras s-a manifestat prin finalizarea unui fort la Omoa, în golf, până în 1779.
Independența față de Spania a venit în 1821 și față de Mexic în 1823, când Honduras s-a alăturat la formarea Provinciilor Unite ale Americii Centrale. Cu toate acestea, fricțiunile dintre facțiunile liberale și conservatoare au subminat curând federația. În general, liberalii erau în favoarea republicanismului, a unui comerț mai liber, a reducerii reglementărilor guvernamentale, a eliminării puterilor politice și economice ale clerului catolic și a imitării modelelor străine de dezvoltare. Conservatorii apărau clerul, înclinau spre monarhism, nu aveau încredere în modelele străine și, în general, aveau o viziune mai tradițională și pro-spaniolă. În 1830, un liberal hondurian, Francisco Morazán, a devenit președinte al acestei federații și, timp de un deceniu, a promovat politici liberale care au redus puterea și privilegiile tradiționale ale clerului și au crescut exporturile agricole. Opoziția conservatoare și populară față de politicile liberale a dus la prăbușirea federației, iar Hondurasul și-a declarat independența absolută la 5 noiembrie 1838. Conservatorii pro-biserică din Honduras au preluat controlul sub conducerea lui Francisco Ferrera, care a devenit primul președinte constituțional la 1 ianuarie 1841. La jumătatea secolului al XIX-lea, în ciuda declarației sale de suveranitate, Honduras a sprijinit eforturile de refacere a uniunii Americii Centrale, în timp ce independența sa reală a fost puternic limitată de vecinii săi mai puternici. Dominația conservatoare a durat până în anii 1870, timp în care biserica și-a recăpătat poziția anterioară, iar guvernul hondurian a semnat un concordat (1861) cu Sfântul Scaun de la Roma.
După 1871, ascensiunea lui Justo Rufino Barrios în Guatemala a influențat o revenire la liberalism în Honduras, unde Marco Aurelio Soto, un liberal, a preluat președinția (1876). În 1880, liberalii au promulgat o nouă constituție care urmărea să anuleze munca conservatorilor și, de asemenea, au mutat capitala de la Comayagua la Tegucigalpa. Cinci ani mai târziu, liberalii din Honduras și din alte părți s-au dovedit a fi mai întâi naționaliști și au blocat o încercare a Guatemalei de a unifica istmul prin forță. Liberalii au continuat să domine țara până în secolul XX, încurajând investițiile străine și creșterea economică, deși Hondurasul a rămas cel mai sărac stat din istm.
.