Cu excepția unora dintre enzimele studiate inițial, cum ar fi pepsina, renina și tripsina, majoritatea denumirilor de enzime se termină în „ase”. Uniunea Internațională de Biochimie (I.U.B.) a inițiat standarde de nomenclatură enzimatică care recomandă ca denumirile enzimelor să indice atât substratul asupra căruia se acționează, cât și tipul de reacție catalizată. Conform acestui sistem, enzima uricază se numește urat: O2 oxidoreductază, în timp ce enzima glutamic oxaloacetic transaminază (GOT) se numește L-aspartat: 2-oxoglutarat aminotransferază.

Enzimele pot fi clasificate în funcție de tipul de reacție chimică catalizată.

1. Adaosul sau eliminarea apei
   1. Hidrolaze – acestea includ esteraze, carbohidraze, nucleaze, deaminaze, amidaze și proteaze
   2. Hidraze cum ar fi fumarază, enolază, aconitaza și anhidraza carbonică
2. Transferul de electroni
   1. Oxidaze
   2. Dehidrogenaze
3. Transferul unui radical
   1. Transglicozide – de monosacaride
   2. Transfosforilaza și fosfomutaza – a unei grupe fosfat
   3. Transaminazele – a unei grupe amino
   4. Transmetilazele – a unei grupări metil
   5. Transacetilaze – a unei grupări acetil
4. Spargerea sau formarea unei grupări C-C
   1. Desmolase
5. Schimbarea geometriei sau a structurii unei molecule
   1. Izomeraze
6. Unirea a două molecule prin hidroliza legăturii pirofosfat din ATP sau alt trifosfat
   1. Ligaze

.