BackgroundEdit
O adevărată înțelegere a diferențierii celulare în sistemul imunitar va necesita o perspectivă generală asupra profilului transcripțional al fiecărui tip de celulă din sistemul imunitar adaptativ și înnăscut și a modului în care aceste profiluri evoluează prin diferențiere celulară sau activare cu liganzi imunogeni sau tolerogeni. Proiectul ImmGen își propune să stabilească foaia de parcurs a acestor stări transcripționale.
Compendiu de expresie genicăEdit
Primul obiectiv al ImmGen este de a genera un compendiu de profiluri transcripționale ale întregului genom (inițial prin microarray, în prezent în cea mai mare parte prin secvențiere ARN) pentru aproape toate populațiile celulare caracterizate ale sistemelor imunitare adaptative și înnăscute la șoarece, în etapele majore de diferențiere și activare. Acest efort este realizat de un grup de laboratoare de cercetare în imunologie care colaborează în SUA. Fiecare dintre laboratoare aduce o expertiză unică într-o anumită linie celulară și toate utilizează proceduri standardizate de sortare a celulelor. Compendiul de date microarray include în prezent peste 250 de tipuri de celule relevante din punct de vedere imunologic, din toate organele limfoide și din alte țesuturi care sunt monitorizate de celulele imune.
PublicațiiEdit
O serie de rapoarte ImmGen a fost publicată pe măsură ce compendiul s-a acumulat. Unele rapoarte specifice fiecărei linii de descendență au descris celulele stem hematopoietice, celulele naturale ucigașe, neutrofile, celulele B și T, celulele naturale ucigașe, macrofagele, celulele dendritice, celulele T alfa beta, celulele T gamma delta, celulele T CD8 activate, celulele limfoide înnăscute și celulele stromale ale ganglionilor limfatici. deși cea mai mare parte a profilării transcripționale a fost realizată pe șoareci B6, a fost studiat și efectul variației genetice. a doua fază a ImmGen a început profilarea celulelor imune activate. Răspunsul interferonului a fost folosit ca un caz de testare.
Model bioinformatic al rețelei de reglementare geneticăEdit
Câteva grupuri de biologi computaționali colaboratori (Regev & Koller) au folosit datele pentru a realiza o inginerie inversă a rețelei de reglementare genetică în celulele imune și pentru a o compara cu sistemul imunitar uman Un studiu inițial al splicingului diferențial între liniile imunitare a fost realizat folosind atât microarrays, cât și secvențierea ARN.
Reprezentarea vizuală a datelorEdit
Participanții la proiect din cadrul Departamentului de informatică al Universității Brown explorează, de asemenea, noi moduri de reprezentare pentru datele ImmGen, dezvoltând și îngrijind reprezentarea publică.
MembriEdit
Laboratoarele de imunologie participante includ laboratoarele Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (celule T CD8 activate, UCSD, San Diego), Kang (celule T gamma delta, U. Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, San Francisco), Mathis/Benoist (celule T alfa beta, HMS, Boston), Merad și Randolph (monocite & macrofage, Mount Sinai, New York și Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston) și Wagers (HSC, Joslin, Boston).
În mod tragic, Richard (Randy) Hardy (Fox Chase, Philadelphia), care a fost membru ImmGen încă de la inițierea sa, a decedat în iunie 2016.
Starea actualăEdit
În august 2016, Immgen a profilat peste 250 de populații de celule naive la șoarece folosind microarrays și câteva zeci de tipuri de celule activate folosind secvențierea ARN.
.