Cistita hemoragică este rară atunci când ifosfamida este administrată cu mesna. Un efect secundar frecvent și limitator de doză este encefalopatia (disfuncție cerebrală). Aceasta apare într-o anumită formă la până la 50% dintre persoanele care primesc acest agent. Reacția este probabil mediată de cloroacetaldehida, unul dintre produșii de descompunere a moleculei de ifosfamidă, care are proprietăți chimice similare acetaldehidei și hidratului de cloral. Simptomele encefalopatiei cu ifosfamidă pot varia de la ușoare (dificultăți de concentrare, oboseală), la moderate (delir, psihoză), la severe (status epileptic nonconvulsiv sau comă). La copii, aceasta poate interfera cu dezvoltarea neurologică. În afară de creier, ifosfamida poate afecta și nervii periferici. Gravitatea reacției poate fi clasificată fie conform criteriilor Institutului Național de Cancer, fie conform criteriilor Meanwell (gradul I-IV). Problemele cerebrale anterioare și nivelurile scăzute de albumină din sânge cresc probabilitatea de encefalopatie cu ifosfamidă. În majoritatea cazurilor, reacția se rezolvă spontan în 72 de ore. Dacă se dezvoltă în timpul unei perfuzii de medicament, se recomandă întreruperea perfuziei. Cel mai eficient tratament pentru encefalopatia severă (gradul III-IV) este o soluție intravenoasă de albastru de metilen, care pare să scurteze durata encefalopatiei; mecanismul exact de acțiune al albastru de metilen nu este clar. În unele cazuri, albastrul de metilen poate fi utilizat ca profilaxie înainte de a se administra alte doze de ifosfamidă. Alte tratamente includ albumină și tiamină și dializă ca modalitate de salvare.

Ifosfamida poate provoca, de asemenea, o acidoză cu decalaj anionic normal, în special acidoză tubulară renală de tip 2.

.