Marea Baltică, una dintre cele mai mari zone de apă salmastră din lume, poate fi caracterizată ca o mare tânără și rece care conține un ecosistem sărăcit din cauza stresului de salinitate. Actuala Mare Baltică s-a format în urmă cu 2000 – 2500 de ani, când sunetele daneze au devenit mai înguste și mai puțin adânci. Afluxul de apă dulce din zonele terestre înconjurătoare a făcut ca Marea Baltică să dobândească treptat un caracter salmastru. În prezent, Marea Baltică se întinde pe o suprafață de aproximativ 366.000 km2 sub forma unei serii de bazine separate de zone mai puțin adânci și umplute cu aproximativ 22.000 km3 de apă salmastră. Aceste bazine sunt, de la nord la sud, Golful Botnia, Golful Finlandei, Marea Gotland și Marea Bornholm. Gradientul climatic variază de la condiții aproape arctice în nordul extrem până la un climat mai maritim în părțile sudice. Apa sărată din Marea Nordului este conectată la Marea Baltică prin Kattegat, o zonă de mică adâncime, și prin pragurile din sunetele daneze. Afluxul de apă sărată se produce în două moduri diferite, și anume sub forma unui flux continuu de-a lungul fundului datorită gradientului de salinitate și sub forma unor impulsuri de apă sărată generate de distribuția presiunii atmosferice și de direcția vântului. Aportul de apă dulce (500 km3), provenit în principal din râurile mari, este aproximativ egal cu fluxul net de ieșire și accentuează curentul dinspre sud de-a lungul coastei suedeze, care compensează, de asemenea, afluxul de apă sărată. În sudul Mării Baltice pot fi observate mișcări ale mareelor, dar acestea au o importanță minoră pentru sistem. Timpul de rezidență al masei totale de apă este de 25 de ani, iar condițiile hidrografice din diferitele bazine sunt stabile și dominate de o haloclină permanentă și de o termoclină care se dezvoltă în fiecare primăvară. Salinitatea variază de la aproximativ 1-2 la mie în partea cea mai interioară a Golfului Botnia la 10-15 la mie în Marea Bornholm. Amestecul vertical total are loc în timpul iernii, cel puțin în părțile nordice ale mării. Datorită gradientului climatic, starea gheții diferă de la aproximativ patru luni de acoperire totală cu gheață în părțile interioare ale Golfului Botnia la o lună sau mai puțin de gheață de coastă în partea sudică a Mării Baltice. Astfel, efectul sezonier este mai pronunțat în părțile nordice.

Sistemele de viață din Marea Baltică sunt reduse și adaptate la aceste condiții variate. Dacă se compară fundurile moi mai adânci din Golful Botnia cu restul Mării Baltice, se poate observa următorul model. Productivitatea primară pelagică crește cu un factor 6 de la nord la sud. Părțile sudice ale mării prezintă un vârf de primăvară pronunțat, în timp ce în nord dezvoltarea de primăvară este întârziată sau înlocuită de un maxim de vară. Creșterea totală a biomasei macrofaunei este izbitoare, de la aproximativ 1 g.m-2 (greutate corporală) în nord la 100 g.m-2 (greutate corporală) sau mai mult în sud. Biomasa meiofaunei și a zooplanctonului prezintă o variabilitate mai mică. Meiofauna crește cu un factor de 2-4, oferind o biomasă de aproximativ două ori mai mare decât cea a macrofaunei în partea cea mai nordică. Salinitatea extrem de scăzută a acestei zone duce la excluderea bivalvelor (filtratori) din faună. Datele disponibile, coroborate cu rata metabolică ridicată a meiofaunei, urmăresc aproximativ modificările productivității primare în Marea Baltică. Schimbarea raportului dintre macrofaună și meiofaună, precum și rezultatele studiilor intensive asupra amfipodului macrobentonicPontoporeia affinis (Lindström), sugerează că macrofauna este reglată în principal de limitarea hranei și că sistemele bentice și pelagice sunt strâns legate.

.