ClubEdit
Real MadridEdit
Fernando s-a născut în Malaga, Andaluzia. După ce a început la Malaga CF din orașul natal, și-a terminat pregătirea fotbalistică în rândurile giganților din La Liga, Real Madrid, ajungând să apară o singură dată pentru prima sa echipă în sezonul 1999-2000, împotriva lui Real Zaragoza (90 de minute, victorie pe teren propriu cu 1-0).
După aceea, Fernando a ajuns la Real Valladolid sub formă de împrumut, deoarece mulți canterani ai lui Real Madrid aveau să se mute la acest club în acea perioadă (Alberto Marcos, Víctor, José García Calvo, etc.).
BetisEdit
În vara anului 2002, Fernando a semnat cu Real Betis, marcând 15 goluri în campania sa de debut, echipa terminând pe locul 8, datorită în mare măsură brelocurilor sale cu Malaga (3-0), RCD Espanyol (4-2) și Real Sociedad (3-2). A câștigat singurul trofeu al carierei sale în 2005, victoria din Copa del Rey cu 2-1 în fața lui CA Osasuna.
La 27 iunie 2008, deoarece rolul său a fost unul mai puțin important din 2005 până în 2008 – doar zece meciuri în ultimul său sezon – Fernando a semnat un contract pe patru ani cu Malaga, revenind la primul său club de tineret după 11 ani.
Malaga și anii următoriEdit
Fernando a marcat primul său gol în campionat pentru Malaga pe 23 septembrie 2009 împotriva lui Espanyol, la mai mult de un an de la sosire; totuși, acest lucru s-a întâmplat într-o înfrângere cu 1-2 în deplasare. Folosit cu moderație în sezonul său de debut, el a devenit titular în 2009-10, marcând de cinci ori.
Fernando a continuat să fie titular și în campania 2010-11, sub conducerea noului manager Jesualdo Ferreira. În a doua zi, a marcat de două ori în victoria cu 5-3 la Zaragoza, primul gol fiind marcat după doar 73 de secunde. Folosit rar de următorul antrenor, Manuel Pellegrini, el a contribuit totuși la 21 de meciuri când Boquerones a evitat în cele din urmă retrogradarea.
La 21 august 2011, Fernando, în vârstă de 32 de ani, a fost eliberat din contract. El s-a mutat pentru prima dată în străinătate la 4 februarie a anului următor, alăturându-se mai multor compatrioți la echipa maghiară Diósgyőri VTK. S-a retras din fotbal în iunie 2013.
InternaționalEdit
Fernando a câștigat patru selecții pentru Spania la nivel sub 21 de ani, în șase luni. Prima a sosit pe 27 februarie 2001, când a jucat a doua repriză a meciului amical cu 4-0 cu Anglia de la Birmingham.
.