00:00:15.00Bună ziua, sunt Anne Carpenter de la Broad Institute,
00:00:17.08și unul dintre liderii proiectului CellProfiler.
00:00:19.18Astăzi, aș dori să vă prezint CellProfiler.
00:00:22.00Este un software gratuit și open-source pentru analiza imaginilor
00:00:00:24.18care poate identifica și măsura entitățile și imaginile biologice;
00:00:27.06procesează imagini mari la orice scară,
00:00:29.11de la un experiment la scară mică până la unul de mari dimensiuni;
00:00:00:31.21și exportați date pentru analize ulterioare.
00:00:00:34.12În primul rând, câteva noțiuni de bază despre CellProfiler.
00:00:36.09A fost proiectat de un biolog – adică eu.
00:00:38.09Am scris prima versiune cu mulți ani în urmă
00:00:40.13pentru a umple golul dintre cele mai recente metode de calcul
00:00:00:42.19și biologii de zi cu zi.
00:00:44.08Este gratuit.
00:00:45.17Și pentru că este open-source, puteți să vă scrieți propriile module dacă aveți nevoie.
00:00:48.11Funcționează pe Windows, Mac și Linux,
00:00:50.22interfețează cu multe alte programe populare de analiză a bioimaginilor,
00:00:00:53.22și citește mai mult de 180 de formate de fișiere de microscopie
00:00:57.00grație Bio-Formats.
00:00:58.18Și după mulți parametri, CellProfiler este foarte popular
00:01:00.26și foarte iubit în rândul biologilor.
00:01:03.08Cel mai bun loc pentru a începe cu CellProfiler
00:01:05.04este să găsiți un exemplu de pipeline,
00:01:06.24fie dintr-o lucrare pe care ați citit-o în care CellProfiler a fost folosit;
00:01:09.08din forumul online de întrebări și răspunsuri, forum.sc;
00:01:13.13sau din pagina de exemple a CellProfiler, iar unele dintre aceste exemple sunt prezentate aici.
00:01:18.21După ce ați încărcat o conductă în CellProfiler,
00:01:20.14puteți începe să o ajustați pentru a o personaliza la problema dvs. biologică.
00:01:24.10Obiectivul principal, bineînțeles, este de a identifica și măsura
00:01:27.04un anumit tip de entități biologice,
00:01:28.16fie că este vorba de celule sau colonii sau sinapse și așa mai departe.
00:01:31.09Deciziile care trebuie luate sunt,
00:01:33.03ce structuri sau regiuni sau compartimente doriți să identificați?,
00:01:36.04cum să le identificați?,
00:01:37.13și, în cele din urmă, ce caracteristici să măsurați?
00:01:39.01Și pe măsură ce puneți modulele împreună în CellProfiler,
00:01:41.03acestea sunt tipurile de întrebări pe care vi le veți pune.
00:01:44.07Mixați și maxim… potriviți aceste module pentru a construi o conductă,
00:01:47.12sau un flux de lucru, care să vă îndeplinească sarcina.
00:01:49.25Acum, unii dintre acești pași sunt foarte triviali,
00:01:51.13de exemplu, împărțirea culorilor unei imagini cu mai multe canale.
00:01:53.25Câțiva dintre pași poate că nu v-ați gândit la ei înainte,
00:01:56.03dar… este foarte important să faceți lucruri precum
00:01:58.19corectarea iluminării pentru a îmbunătăți calitatea cuantificării
00:02:01.12care se obține din imaginile dvs.
00:02:03.22După ce v-ați preprocesat imaginile după bunul plac,
00:02:06.04puteți introduce module care identifică structurile și compartimentele de interes,
00:02:08.23cum ar fi nucleele sau marginile celulelor,
00:02:10.16așa cum se arată aici.
00:02:12.04Aceasta este adesea partea dificilă a configurării unui flux de lucru de analiză a imaginilor,
00:02:15.09dar există o mulțime de instrumente și sfaturi care să vă ofere…
00:02:17.27să vă dea o mână de ajutor acolo.
00:02:20.09Câteva dintre tipurile de parametri pe care va trebui să îi ajustați în acest proces
00:02:23.28includ ajustarea setărilor pentru determinarea prim-planului
00:02:26.26împotriva fundalului.
00:02:28.08Acum, iată un exemplu în care este un pic prea strictă…
00:02:30.08un pic prea îngăduitoare și apoi un pic prea strictă,
00:02:31.29și, în cele din urmă, exact cum trebuie.
00:02:33.23Există și alte setări care vă permit să
00:02:36.14decideți separarea adecvată față de fuziune pentru unele obiecte.
00:02:39.06Așa că, puteți vedea că există patru nuclee aici
00:02:40.27care sunt afișate lipite între ele.
00:02:42.14Am ajustat setările până când acestea au fost separate corespunzător,
00:02:45.13folosind diferitele setări din cadrul modulelor.
00:02:48.24Și odată ce ați identificat structurile de interes,
00:02:50.28este de fapt foarte simplu să le măsurați proprietățile.
00:02:53.28 Pur și simplu intrați în diferite module pentru aceste diferite categorii de măsurători,
00:02:56.24care includ contabilizarea numărului de exemplare dintr-un lucru;
00:02:59.02dimensiunile; formele;
00:03:00.22texturi, care este netezimea unui model de colorare a intensității fluorescente;
00:03:04.22și, de asemenea, cantitatea de intensitate, care poate corespunde cantității reale a unui produs proteic, de exemplu, în imaginile dvs.;
00:03:10.12asemenea unor lucruri precum relațiile spațiale.
00:03:13.13Acum, odată ce conducta dvs. este configurată după bunul dvs. plac,
00:03:15.15poateți să o rulați pe mai multe imagini în mod automat.
00:03:17.25Acum, dacă este vorba de un număr mic,
00:03:19.19poateți să o rulați pe laptop sau pe desktop.
00:03:21.07Dacă este vorba de un experiment foarte mare,
00:03:23.01s-ar putea fi nevoie să vă rulați imaginile pe un cluster de calcul
00:03:25.10sau să folosiți resurse cloud online.
00:03:27.15Și există instrumente care să vă ajute să le faceți pe amândouă.
00:03:29.21În cele din urmă, vă puteți explora datele folosind, într-adevăr,
00:03:32.18orice software de analiză a datelor.
00:03:34.07O singură opțiune este CellProfiler Analyst.
00:03:36.11Este conceput pentru a vă permite să explorați datele din seturi mari de imagini
00:03:38.23unde datele sunt legate interactiv de imagini.
00:03:41.16De asemenea, vă permite să clasificați fenotipurile în mod automat.
00:03:43.22Să ne uităm la aceste două tipuri de caracteristici.
00:03:45.28În primul rând, instrumentele de explorare.
00:03:47.23Conține multe vizualizări de date
00:03:49.22pe care le-ați vedea, într-adevăr, în orice software de foaie de calcul.00:03:51.28Diferența este că în CellProfiler Analyst,
00:03:54.00fiecare punct de date este legat de imaginile care au produs acel punct de date.
00:03:57.08Aceasta vă permite să explorați caracteristicile din imaginile dumneavoastră
00:03:59.24și metricele care au fost produse,
00:04:01.15și să încercați să identificați ce…
00:04:03.02ce se întâmplă în experimentul dumneavoastră,
00:04:04:04.20sau, eventual, chiar să faceți unele măsuri de control al calității
00:04:07.02pentru a identifica dacă există imagini care sunt neclare,
00:04:09.00sau care au saturație sau alte tipuri de artefacte în ele.
00:04:12.04Și cea mai populară caracteristică a CellProfiler Analyst este clasificatorul său.
00:04:15.26Ceea ce face este să afișeze un număr de celule din experimentul dumneavoastră
00:04:19.01 – sau alte obiecte pe care le-ați identificat –
00:04:21.08și vă cere să le sortați
00:04:23.21în funcție de fenotipul lor de interes.
00:04:24.29Și astfel dumneavoastră….
00:04:26.15tot ceea ce trebuie să faceți este să trageți și să fixați celulele individuale
00:04:28.11pentru a le sorta ca fiind pozitive și negative pentru un fenotip,
00:04:31.05sau chiar puteți avea oricât de multe compartimente doriți.
00:04:32.25Și apoi, pe măsură ce sortați celulele individuale,
00:04:36.03computerul învață de la dumneavoastră și încearcă să identifice,
00:04:38.
00:04:42.03pe măsură ce sortați din ce în ce mai multe celule,
00:04:45.02și pe măsură ce corectați erorile,
00:04:46.26clasificatorul devine din ce în ce mai bun,
00:04:48.14până la punctul în care calculatorul vă poate înlocui în a da răspunsul corect
00:04:52.20pentru un număr mare de celule.
00:04:54.10 Deci, odată ce clasificatorul este antrenat,
00:04:56.01puteți sorta… puteți evalua milioane sau miliarde de celule
00:04:59.13într-un mod complet automatizat.
00:05:00.24Laboratorul meu a colaborat cu alte câteva laboratoare din întreaga lume
00:05:03.10pentru a crea un nou instrument bazat pe web pentru clasificarea imaginilor
00:05:05.24care este alimentat de deep learning.
00:05:05:07.16Așa că, aruncați o privire pe site-ul său
00:05:09.08pentru a vedea dacă acesta este gata de utilizare.
00:05:11.26Puteți afla mai multe prin intermediul acestor videoclipuri conexe iBiology
00:05:14.18despre microscopie și analiza imaginilor.
00:05:16.10Și sper că veți încerca analiza bioimaginii,
00:05:18.19folosind CellProfiler,
00:05:20.04și mergeți la Forumul de imagini online al Comunității Științifice dacă aveți nevoie de ajutor la început.

.