DDRGK1 é necessário para a homeostase das ER
Para entender a função celular do DDRGK1, nós examinamos os efeitos do DDRGK1 knockdown usando uma mistura de dois siRNAs como descrito anteriormente21. Encontramos que a derrubada do DDRGK1 induziu a morte apoptótica das células MCF7 e HepG2, caracterizada pela coloração de Annexin V/PI (Fig. 1a), ativação da caspase-3 e clivagem PARP (Fig. 1b). Deve-se observar que podemos detectar a clivagem capspase-3 em células HepG2 induzida por batida de DDRGK1 mas não em células MCF7, pois as células MCF7 são deficientes em caspase-322. A análise quantitativa por PCR em tempo real (Q-PCR) mostrou que o knockdown do DDRGK1 aumentou a expressão dos genes pró-apoptóticos BAX, BAK, NOXA, DR5 e Bid, enquanto a expressão do gene anti-apoptótico Bcl-2 foi diminuída (Fig. 1c,d). É importante notar que a derrubada do DDRGK1 nas células MCF7 e HepG2 induziu respostas de estresse ER, com aumento da expressão do gene ER específico de BiP, HSPA8 e CHOP (Fig. 1e,f).
Para confirmar ainda mais que o DDRGK1 está envolvido na resposta de estresse do ER, determinamos o efeito do DDRGK1 na sobrevivência celular após o tratamento com os indutores de estresse do ER thapsigargin (Tg) e tunicamicina (Tm). Derrubando a apoptose induzida pelo DDRGK1 pelo tratamento com Tg em células HepG2 e MCF7, como avaliado pela coloração e clivagem da caspase-3 e PARP do Anexo V/PI (Fig. 2a-c e Suplemento Fig. 1A-C). Em contraste, a superexpressão de DDRGK1 reduziu a morte celular induzida por estresse ER nas células HepG2 (Fig. 2d-f). Além disso, a viabilidade das células MCF7 foi avaliada pelo ensaio MTT, e os resultados mostraram que a derrubada do DDRGK1 tornou as células mais sensíveis ao tratamento com Tg ou Tm, com viabilidade celular reduzida (Suplemento Fig. 1D), enquanto que a superexpressão do DDRGK1 promoveu a sobrevivência celular após o tratamento com Tg ou Tm (Suplemento Fig. 1E). Em conjunto, nossos resultados sugerem que o DDRGK1 tem um papel vital na regulação da homoostase das ER.
DDRGK1 modula o UPR
Para entender como o DDRGK1 regula a homeostase de ER, primeiro analisamos as mudanças nos níveis de proteína de três sensores UPR e seus alvos a jusante em células DDRGK1. Os resultados mostraram que a derrubada de DDRGK1 nas células de MCF7 e HepG2 reduziu significativamente os níveis do total IRE1α, mas diminuiu fracamente a fosforilação IRE1α (p-IRE1α), o que pode ser devido aos níveis reduzidos do total IRE1α (Fig. 3a). Os níveis de ATF6 e ATF6 clivado não foram afetados (Fig. 3a). Curiosamente, a derrubada de DDRGK1 não afetou os níveis de PERK total, mas os níveis de PERK fosforilado (p-PERK) e BiP foram significativamente aumentados (Fig. 3a). Examinamos então os efeitos do esgotamento do DDRGK1 sobre o substrato IRE1α XBP1. Os resultados mostraram que a XBP1, uma forma emendada de XBP1, foi significativamente diminuída nas células DDRGK1-knockdown MCF7 de forma dependente do tempo (Fig. 3b), o que foi correlacionado com mudanças nos níveis de proteína de IRE1α (Suplemento Fig. 2A). Além disso, o esgotamento do DDRGK1 aumentou os níveis de eIF2α fosforilação (p-eIF2α) e expressão CHOP tanto nas células MCF7 quanto nas células HepG2 (Suplemento Fig. 2B). Esses resultados indicam que o esgotamento do DDRGK1 reprime a sinalização UPR-IRE1α e ativa a via apoptótica UPR-PERK, o que consequentemente desencadeia a apoptose, como observado nas Figuras 1 e 2. Entretanto, o nível de IRE1α foi aumentado no DDRGK1 sobreexpressor de células de forma dose-dependente (Fig. 3c), enquanto os níveis de p-PERK, PERK, ATF6, p-IRE1α, BiP e a forma emendada de XBP1 não foram significativamente alterados (Fig. 3c; Suplementar Fig. 2C e D). Para explorar a relação funcional entre DDRGK1 e a UPR, avaliamos as mudanças dinâmicas de IRE1α e PERK em células DDRGK1-knockdown MCF7 e em células de controle após o tratamento com Tg em diferentes pontos de tempo. O tratamento com Tg aumentou os níveis de IRE1α e p-IRE1α, p-PERK e BiP em células de controle, como esperado. Entretanto, os níveis totais de IRE1α diminuíram significativamente (0-24 h), enquanto que os níveis de p-IRE1α diminuíram modestamente (4-24 h) nas células DDRGK1 em comparação com as células de controle (Fig. 3d). Concomitantemente o nível de XBP1s foi diminuído em células DDRGK1 em comparação com células de controle (4-12 h) (Fig. 3e). Os níveis do PERK total não foram alterados, mas o p-PERK foi significativamente aumentado nas células DDRGK1 (0-12 h) (Fig. 3d). Resultados semelhantes foram obtidos nas células HepG2 (Fig. 2E e F suplementares). Em conjunto, nossos resultados sugerem que o esgotamento do DDRGK1 causa IRE1α degradação e ativação do PERK.
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DDRGK1 regula a UPR através do alvo IRE1α
A UPR é acionada por sensores de estresse ER sobre estresse ER para regular a homoostasia ER8. Tem sido relatado que a eliminação específica de hepatócitos de IRE1α em ratos resultou na ativação da via UPR-PERK23. Para tratar se a indução de p-PERK observada nas células DDRGK1 foi mediada pela diminuição dos níveis de IRE1α, examinamos os níveis de p-PERK, PERK e os seus alvos a jusante nas células destruídas de IRE1α. Os resultados mostraram que a queda de IRE1α aumentou significativamente os níveis de proteína de p-PERK e p-eIF2α nas células MCF7 e HepG2 (Fig. 4a), semelhante aos observados nas células DDRGK1 (Fig. 3a; Suplemento Fig. 2B). Estes resultados indicam que o DDRGK1 regula a UPR, visando IRE1α. Em seguida, investigamos como o DDRGK1 regula IRE1α. Nossos resultados mostraram que os níveis de proteína IRE1α, mas não os níveis de mRNA (Suplemento Fig. 3A), foram drasticamente diminuídos nas células DDRGK1-knockdown (Fig. 3a). O tratamento das células com o inibidor proteasômico MG132 bloqueou a redução mediada por DDRGK1 da proteína IRE1α (Fig. 4b; Suplemento Fig. 3B). Além disso, observamos que o esgotamento do DDRGK1 reduziu drasticamente a meia-vida da IRE1α em um ensaio de ciclo-heximida (Fig. 4c). De acordo com essas observações, observamos que a expressão ectópica de IRE1α melhorou a sobrevivência celular tanto em células DDRGK1 quanto em células MCF7 e HepG2, em comparação com as células controle, caracterizadas pela coloração Anexo em V/PI e ativação da caspase-3 (Fig. 4d,e; Suplemento Fig. 3C e D). No total, estes resultados sugerem que o DDRGK1 regula a estabilidade de IRE1α e assim regula a UPR.
DDRGK1 interage com IRE1α
Para entender como o DDRGK1 regula a estabilidade de IRE1α, testamos se o DDRGK1 interage com IRE1α através de um ensaio de imunoprecipitação recíproca (IP) em células HEK293T. Os resultados mostraram que o Flag-IRE1α expresso exogenamente interagia especificamente com o DDRGK1 e BiP endógeno (Fig. 5a). De forma consistente, o Flag-DDRGK1 expresso exogenamente interagiu especificamente com o endógeno IRE1α e com a conhecida proteína C53 associada ao DDRGK1 (ref. 14). No entanto, não fomos capazes de detectar BiP nos imunoprecipitados do Flag-DDRGK1 (Fig. 5b), o que sugere que o DDRGK1 pode não interagir diretamente com a BiP. IRE1α, como um substrato endógeno de degradação associada à ER (ERAD), é degradado através da associação entre IRE1α e o complexo Sel1L-Hrd1 ERAD de uma forma dependente da BiP24. Portanto, examinamos se a BiP está envolvida na interação entre o DDRGK1 e IRE1α. Os resultados mostraram que a interação entre o DDRGK1 e IRE1α não foi afetada pela derrubada da BiP (Fig. 4 Suplementar). Para confirmar ainda mais a interação do DDRGK1 com IRE1α, realizamos experimentos de coloração por imunofluorescência. Os resultados mostraram que estas duas proteínas co-localizaram-se nas Urgências (Fig. 5c). Para mapear a região envolvida na interação do IRE1α com o DDRGK1, nós co-transferimos mutantes tipo Flag-IRE1α e truncamento do tipo selvagem juntamente com o DDRGK1 em células HEK293T, e os resultados da IP mostraram que o domínio citoplasmático cinase do IRE1α foi necessário para sua interação com o DDRGK1 (Fig. 5d). Para entender as mudanças dinâmicas na interação entre DDRGK1 e IRE1α sob condições de estresse ER, células HEK293T foram transfectadas com Flag-DDRGK1 e tratadas com Tg em diferentes pontos de tempo. Como esperado, observamos que no total IRE1α, p-IRE1α e BiP foram significativamente aumentadas sob estresse de ER. Curiosamente, observamos que o DDRGK1 interagiu especificamente com o não fosforilado IRE1α, mas não com p-IRE1α, nos imunoprecipitados (Fig. 5e). Estes resultados sugerem que o DDRGK1 interage e mantém a estabilidade dos não-fosforados IRE1α.
Ufm1 é necessário para a interação do DDRGK1 e IRE1α
Um estudo recente demonstrou que o DDRGK1 é um substrato de ufmilação e é necessário para a ufmilação ASC115,20. Para investigar se a ufmilação está envolvida na regulação da estabilidade de IRE1α pelo DDRGK1, examinamos se o esgotamento da ufmilação afeta a expressão da proteína IRE1α. Semelhante ao esgotamento do DDRGK1, observamos que a derrubada da expressão Ufm1 reduziu drasticamente os níveis da proteína IRE1α (Fig. 6a), indicando que o DDRGK1 regula IRE1α através da ufmilação. Consistentemente, observamos que a superexpressão do DDRGK1 não estabilizou a proteína IRE1α nas células Ufm1-knockdown MCF7 em comparação com as células de controle (Fig. 6b). Além disso, os níveis da proteína IRE1α foram drasticamente reduzidos nas células Ufm1-knockdown MCF7 tanto na ausência como na presença de Tg (Fig. 6c), o que sugere que a ufmilação é necessária para a regulação da estabilidade da proteína IRE1α pelo DDRGK1. Nós então nos perguntamos se IRE1α está sujeito à modificação da ufmilação. Para abordar esta questão, detectamos a ufmylação de IRE1α em células que expressam DDRGK1 e Ufm1 bem como UBA5 (E1), UFC1 (E2) e UFL1 (E3), como descrito anteriormente20. Entretanto, não conseguimos detectar nenhuma ufmilação da proteína IRE1α, embora a ufilação da proteína DDRGK1 fosse facilmente detectável, como descrito anteriormente (dados não mostrados)15,20,25, sugerindo que IRE1α pode não ser um alvo de ufmilação. Curiosamente, descobrimos que a associação entre DDRGK1 e IRE1α foi significativamente reduzida nas células Ufm1-knockdown HEK293T em comparação com as células de controle (Fig. 6d). Em consonância com esta observação, verificamos que a interação do DDRGK1 K267R (um DDRGK1 mutante deficiente em ufmilação, no qual o resíduo de lisina 267 foi substituído por um resíduo de arginina)15 com IRE1α foi drasticamente reduzida em comparação com o DDRGK1 do tipo selvagem (Fig. 6e), indicando que a ufmilação do DDRGK1 é necessária para a associação entre DDRGK1 e IRE1α. Além disso, o DDRGK1 K267R não estabilizou a proteína IRE1α em comparação com o DDRGK1 do tipo selvagem (Fig. 6f). Em conjunto, estes resultados sugerem que a ufmilação do DDRGK1 em K267 é necessária para sua interação com IRE1α e a regulação da estabilidade protéica de IRE1α.
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DDRGK1 é necessário para a capacidade de reconstituição HSC em ratos
Um estudo recente sugeriu que as células estaminais hematopoiéticas (HSCs) são extremamente sensíveis ao stress das ER26. Isto levou-nos a especular que o DDRGK1 pode ser crítico na função HSC. Nós primeiro determinamos o nível de expressão do DDRGK1 em várias linhagens hematopoiéticas de camundongos de 2 meses de idade do tipo selvagem. Q-PCR revelou um nível significativamente maior de expressão do DDRGK1 em HSCs, incluindo HSCs de longo prazo (LT-HSCs), HSCs de curto prazo (ST-HSCs) e progenitores multipotentes (MPPs) (Fig. 7a). Além disso, o nível proteico do DDRGK1 foi altamente expresso em células Lineage-c-Kit+ medula óssea (BM) enriquecidas com células Lineage+c-Kit- BM (Fig. 7b). Estas observações sugerem um papel importante do DDRGK1 nas células-tronco. Para examinar o papel do DDRGK1 na função HSC, experimentos competitivos de transplante foram realizados com HSCs após a derrubada lentiviral do DDRGK1 (Fig. 7c). As células Lineage-Sca1+c-Kit+ (LSK) de ratos CD45.1 doadores foram transduzidas com o lentivírus controle ou DDRGK1-knockdown e transplantadas em ratos CD45.2 receptores letais irradiados. A análise citométrica de fluxo mostrou que a porcentagem de células derivadas do sangue periférico (PB) doador foi significativamente reduzida no grupo DDRGK1-knockdown comparado com o controle, indicando que o knockdown do DDRGK1 prejudicou significativamente a capacidade de reconstituição competitiva dos HSCs (Fig. 7d). Enquanto em um experimento de transplante não competitivo, os camundongos receptores transplantados com DDRGK1-knockdown HSC ainda estavam vivos 3 meses após o transplante, isto sugere que o knockdown do DDRGK1 estava apenas comprometendo a capacidade de reconstituição competitiva das HSCs. Para excluir efeitos fora do alvo, desenhamos outro shRNA visando o DDRGK1 e observamos resultados semelhantes (Fig. 5A Suplementar). Três meses após o transplante, os camundongos receptores foram eutanizados para análise de BM e ensaios in vitro de formação de colônias. A análise citométrica de fluxo mostrou que a derrubada do DDRGK1 prejudicou drasticamente a manutenção das HSCs transduzidas sem afetar seu potencial de linhagem (ou seja, mielóide, células B e linhagens de células T), como indicado por uma diminuição da freqüência de células hematopoiéticas derivadas do doador e células progenitoras, bem como células hematopoiéticas diferenciadas na BM e PB (Fig. 7e). Um resultado semelhante foi observado em um experimento independente usando outro shRNA visando o DDRGK1 (Suplemento Fig. 5B). Além disso, isolamos células CD34-Flt3-LSK derivadas do doador (LT-HSCs) dos ratos receptores e realizamos um ensaio de formação de colônias de células únicas. Os resultados mostraram que a derrubada do DDRGK1 prejudicou a capacidade das HSCs de formar colônias intermediárias e grandes (Fig. 7f). No total, estes dados sugerem que o DDRGK1 é necessário para a manutenção da função HSC.
Para examinar se a função HSC prejudicada foi por causa da redução da eficiência de homing, rotulamos as células LSK de controle ou sh-DDRGK1 lentiviral transduzidas purificadas de camundongos de 2 meses com corante fluorescente (violeta), e as injetamos em recipientes letais irradiados. A percentagem de células LSK rotuladas presentes no receptor BM 18 h após o transplante foi analisada por citometria de fluxo. Os resultados mostraram que a capacidade de homing das células DDRGK-knockdown LSK era comparável à das células controle (Suplemento Fig. 6A e B). Para determinar se o DDRGK1 teve efeito no estado do ciclo celular das células LSK, coramos células controle derivadas do doador e células DDRGK1-knockdown LSK com o marcador de proliferação Ki67 e DAPI e não encontramos diferença significativa no perfil do ciclo celular entre DDRGK1-knockdown HSCs e HSCs controle (Suplemento Fig. 7A). Examinamos então o efeito do DDRGK1-knockdown na apoptose de HSCs usando a coloração Annexin V e encontramos uma frequência significativamente maior de apoptose em células DDRGK1-knockdown LSK derivadas do doador em comparação com células LSK controle; este fenômeno foi observado com ambas as shRNAs visando DDRGK1 (Fig. 8a; Suplemento Fig. 7B). A seguir, examinamos os níveis de espécies reativas de oxigênio (ROS) nas HSCs transduzidas. Os resultados mostraram que o nível de ROS era comparável entre os grupos controle e DDRGK1-knockdown (Suplemento Fig. 7C). Com base nas observações acima, concluímos que o knockdown do DDRGK1 nos HSCs induziu a morte apoptótica das células, prejudicando a função HSC.
Para investigar se a função HSC prejudicada foi devido à ativação da resposta de estresse ER em HSCs DDRGK1-knockdown, analisamos os níveis de expressão de BiP e CHOP por Q-PCR no controle e DDRGK-knockdown gravados em HSCs, os resultados mostraram que os níveis de mRNA de BiP e CHOP foram significativamente aumentados em HSCs DDRGK1-knockdown (Fig. 8b). Além disso, examinamos os níveis de proteína dos sensores de estresse ER no controle e nas células DDRGK-knockdown Lineage-c-Kit+ BM. De acordo com a observação nas linhas celulares cancerígenas, o knockdown do DDRGK1 mostrou uma diminuição dos níveis proteicos de IRE1α e p-IRE1α e um aumento do nível de p-PERK, enquanto os níveis de ATF6 não diferiram nos grupos controle e DDRGK1-knockdown (Fig. 8c). Consistentemente, o nível de XBP1s foi reduzido em células DDRGK1-knockdown LSK derivadas de doadores (Fig. 8d). Em conjunto, estes resultados indicam que o DDRGK1 prejudicou a sinalização IRE1α, mas activou o caminho PERK e apoia ainda mais que o DDRGK1 é crítico para a manutenção adequada da homeostase das ER e, portanto, essencial para a sobrevivência e manutenção das HSCs.