Coletores em larga escala de células-tronco pluripotentes induzidas (iPSCs) poderiam servir como poderosos sistemas modelo para examinar como a variação genética afeta a biologia e a doença. Aqui descrevemos o recurso iPSCORE: uma coleção de linhas iPSC sistematicamente derivadas e caracterizadas de 222 indivíduos etnicamente diversos que permite tanto estudos genéticos familiares como associativos. As linhas iPSCORE são pluripotentes com alta integridade genômica (sem ou com baixo número de variantes de números de cópias somáticas) conforme determinado usando matrizes de sequenciamento de RNA de alto rendimento e genotipagem, respectivamente. Usando iPSCs de uma família de indivíduos, mostramos que cardiomiócitos derivados de iPSC demonstram padrões de expressão gênica que se agrupam por fundo genético, e podem ser usados para examinar variantes associadas a fenótipos fisiológicos e de doenças. A coleção iPSCORE contém indivíduos representativos para alelos de risco e de não risco para 95% dos SNPs associados a fenótipos humanos através de estudos de associação de todo o genoma. Nosso estudo demonstra a utilidade do iPSCORE para examinar como as variantes genéticas influenciam os traços moleculares e fisiológicos em iPSCs e linhas celulares derivadas.