MO > MO2 > NMM

Você tem que usar MO2 com o Fallout 4, pois o MO normal não vai funcionar. Para todos os outros jogos, você pode apenas usar o MO regular.

I usei NMM no início, apesar das pessoas me dizerem para começar com MO (eu estava jogando Skyrim primeiro, então eu usei MO). Tudo parecia bem no início com apenas alguns mods mas uma vez que eu tinha mais de 100 mods, eu notei muitos problemas surgindo. Eu percebi que era porque o NMM não instala a maioria dos mods corretamente e definitivamente não atualiza/atualiza os mods corretamente, e é por isso que o MO (ou MO2 para Fallout 4) é melhor. MO e MO2 instalam os mods virtualmente e não mudam a estrutura do arquivo do jogo, então é muito fácil instalar, atualizar, fundir e desinstalar os mods sem problemas sérios. Depois de desperdiçar muitas horas para contar com a tentativa de corrigir os problemas usando NMM, eu finalmente cedi e ouvi todas as pessoas que me disseram para usar MO desde o início e eu troquei. Foi uma chatice no início porque eu já estava algumas centenas de horas dentro do meu personagem Skyrim, mas eu fui capaz de transferir tudo do NMM para o MO e colocar tudo funcionando. Só quando consegui configurar tudo no MO é que percebi que mais da metade dos meus mods não estavam nem instalados ou atualizados corretamente no NMM. MO/MO2 parecia muito confuso à primeira vista, mas bastava assistir a um vídeo rápido do YouTube para descobrir como usá-lo corretamente. Qualquer um que esteja usando mais do que alguns mods deve definitivamente usar MO/MO2 sobre o NMM. Use MO2 para o Fallout 4 e use MO para o Skyrim e todos os outros jogos com mods.

Você pode querer dar uma olhada neste post e naquele post que ambos essencialmente fazem a mesma pergunta que você fez.