O Mar Báltico, uma das maiores áreas de água salobra do mundo, pode ser caracterizado como um mar jovem e frio contendo um ecossistema empobrecido devido ao stress da salinidade. O Mar Báltico actual foi formado há já 2000 a 2500 anos, quando os sons dinamarqueses se tornaram mais estreitos e rasos. O influxo de água doce das áreas de terra circundantes fez com que o Báltico atingisse gradualmente o seu carácter salobro. Hoje o Báltico cobre uma área de cerca de 366.000 km2 como uma série de bacias separadas por áreas menos profundas e cheias com cerca de 22.000 km3 de água salobra. Estas bacias são, de norte a sul, o Golfo de Bótnia, o Golfo da Finlândia, o Mar de Gotland e o Mar de Bornholm. O gradiente climático varia de condições quase árticas no extremo norte a um clima mais marítimo na parte sul. A água salgada do Mar do Norte está ligada ao Báltico através do Kattegat pouco profundo e das soleiras dos sons dinamarqueses. O influxo de água salgada ocorre de duas formas diferentes, ou seja, como um fluxo contínuo ao longo do fundo devido ao gradiente de salinidade e como pulsos de água salgada gerados pela distribuição da pressão do ar e da direção do vento. A entrada de água doce (500 km3) proveniente principalmente dos grandes rios equivale aproximadamente à vazão líquida de água e estressa a corrente sul ao longo da costa sueca que também compensa a entrada de água salgada. Os movimentos das marés podem ser vistos no sul do Báltico, mas são de menor importância para o sistema. O tempo de residência da massa de água total é de 25 anos e as condições hidrográficas dentro das diferentes bacias são estáveis e dominadas por uma haloclina permanente e uma termoclina que se desenvolve a cada primavera. A salinidade varia de cerca de 1-2 por milha na parte mais interna do Golfo de Bótnia até 10-15 por milha no Mar de Bornholm. A mistura vertical total ocorre durante o inverno em pelo menos as partes do norte do mar. Devido ao grau de clima, a condição do gelo difere de cerca de quatro meses de cobertura total de gelo nas partes interiores do Golfo de Bótnia para um mês ou menos de gelo costeiro na parte sul do Báltico. Assim, o efeito sazonal é mais pronunciado na parte norte.

Os sistemas vivos do Báltico são reduzidos e adaptados a estas condições variáveis. Ao comparar os fundos mais profundos e macios do Golfo de Bótnia com o resto do Báltico, pode ser observado o seguinte padrão. A produtividade primária pelágica aumenta num factor 6 de norte a sul. As partes do sul do mar apresentam um pico primaveril pronunciado, enquanto que no norte o desenvolvimento primaveril é atrasado ou substituído por um máximo de Verão. O aumento total da biomassa da macrofauna é impressionante, de cerca de 1 g.m-2 (w.wt) no norte para 100 g.m-2 (w.wt) ou mais no sul. A meiofauna e a biomassa do zooplâncton mostram menos variabilidade. A meiofauna aumenta por um factor de 2-4, dando uma biomassa de cerca do dobro da da macrofauna na parte mais a norte. A salinidade extremamente baixa desta área provoca a exclusão dos bivalves (alimentadores-filtrantes) da fauna. Os dados disponíveis, agrupados com a elevada taxa metabólica da meiofauna, seguem aproximadamente as mudanças na produtividade primária dentro do Mar Báltico. A relação de mudança da macrofauna para a meiofauna, assim como os resultados de estudos intensivos da macrobentética amphipodPontoporeia affinis (Lindström), sugerem que a macrofauna é regulada principalmente pela limitação alimentar e que os sistemas bentônicos e pelágicos estão intimamente ligados.