Exceto para algumas das enzimas originalmente estudadas como pepsina, renina e tripsina, a maioria dos nomes de enzimas terminam em “ase”. A União Internacional de Bioquímica (I.U.B.) iniciou padrões de nomenclatura enzimática que recomendam que os nomes das enzimas indiquem tanto o substrato sobre o qual atuou como o tipo de reação catalisada. Sob este sistema, a enzima uricase é chamada de urate: O2 oxidoreductase, enquanto a enzima transaminase glutâmica oxaloacética (GOT) é chamada L-aspartato: 2-oxoglutarate aminotransferase.

Enzimas podem ser classificadas pelo tipo de reação química catalisada.

1. Adição ou remoção de água
   1. Hidrolases – estas incluem esterases, carboidrases, nucleases, deaminases, amidases e proteases
   2. Hydrases como fumarase, enolase, aconitase e anidrase carbónica
2. Transferência de electrões
   1. Oxidases
   2. Dehidrogenases
3. Transferência de um radical
   1. Transglycosidases – de monossacarídeos
   2. Transfosforilases e fosfomutases – de um grupo fosfato

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   3. Transaminases – de um grupo amino

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   4. Tranmetilases – de um grupo metilo
   5. Transacetílases – de um grupo acetil
4. Dividir ou formar um grupo C-Ligação C
   1. Desmolases
5. Mudança da geometria ou estrutura de uma molécula
   1. Isomerases
6. Juntar duas moléculas através da hidrólise da ligação do pirofosfato em ATP ou outro trifosfato
   1. Ligases