BackgroundEdit
Uma verdadeira compreensão da diferenciação celular no sistema imunológico exigirá uma perspectiva geral sobre o perfil transcripcional de cada tipo celular do sistema imunológico adaptativo e inato, e como estes perfis evoluem através da diferenciação ou activação celular por ligandos imunogénicos ou tolerogénicos. O projeto ImmGen visa estabelecer o roteiro destes estados transcripcionais.
Gene-expression compendiumEdit
O primeiro objetivo do ImmGen é gerar um compêndio de perfis transcripcionais de todo o genoma (inicialmente por microarranjo, agora principalmente por seqüenciamento de RNA) para quase todas as populações celulares caracterizadas dos sistemas imunes adaptativos e inatos do mouse, nos principais estágios de diferenciação e ativação. Este esforço está sendo realizado por um grupo de laboratórios de pesquisa imunológica colaboradores em todos os EUA. Cada um dos laboratórios traz uma experiência única em uma determinada linhagem celular, e todos estão empregando procedimentos padronizados para a classificação de células. O compêndio de dados de microarranjos inclui atualmente mais de 250 tipos de células imunologicamente relevantes, de todos os órgãos linfóides e outros tecidos que são monitorados por células imunes.
PublicationsEdit
Uma série de relatórios ImmGen foi publicada como o compêndio acumulado. Alguns relatórios específicos de linhagem descreveram células-tronco hematopoiéticas, células assassinas naturais, neutrófilos, células B e T, células assassinas naturais, macrófagos, células dendríticas, células alfa beta T, células gama delta T, células CD8 T ativadas, células linfóides inatas e células estromais linfonodais. A resposta do interferão foi usada como um caso teste.
Modelo de rede reguladora do gene bioinformáticoEdit
Grupos siderais de biólogos computacionais colaboradores (Regev & Koller) usaram os dados para reverter-engenharia da rede reguladora genética em células imunes, e compará-la com o sistema imunológico humano.
Representação visual dos dadosEditar
Participantes do projeto do Departamento de Ciências da Computação da Universidade Brown também estão explorando novos modos de representação dos dados ImmGen, desenvolvendo e curando a representação pública.
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MembersEdit
Os laboratórios de imunologia participantes incluem os Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (células T CD8 ativadas, UCSD, San Diego), Kang (células T em delta gama, U. Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, São Francisco), Mathis/Benoist (células T alfa beta, HMS, Boston), Merad e Randolph (monócitos & macrófagos, Mount Sinai, New York e Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston) e Wagers (HSC, Joslin, Boston).
Tragicamente, Richard (Randy) Hardy (Fox Chase, Philadelphia), que era membro do ImmGen desde o seu início, faleceu em junho de 2016.
Status atualEditar
A partir de agosto de 2016, Immgen já perfilou mais de 250 populações de células ingênuas no mouse usando microarrays, e várias dúzias de tipos de células ativadas usando seqüenciamento de RNA.