Immunocytochemistry difere da imunohistoquímica na medida em que a primeira é realizada em amostras de células intactas que tiveram a maioria, se não todas, da sua matriz extracelular circundante removida. Isto inclui células individuais que foram isoladas de um bloco de tecido sólido, células cultivadas dentro de uma cultura, células depositadas da suspensão, ou células retiradas de um esfregaço. Em contraste, amostras imunohistoquímicas são secções de tecido biológico, onde cada célula é rodeada por uma arquitectura de tecido e outras células normalmente encontradas no tecido intacto. A imunocitoquímica é uma técnica utilizada para avaliar a presença de uma proteína ou antigénio específico nas células (células cultivadas, suspensões celulares) através do uso de um anticorpo específico, que se liga a ele, permitindo assim a visualização e exame ao microscópio. É uma ferramenta valiosa para a determinação do conteúdo celular a partir de células individuais. As amostras que podem ser analisadas incluem esfregaços de sangue, aspirados, esfregaços, células cultivadas e suspensões celulares.

Há muitas maneiras de preparar amostras de células para análise imunocitoquímica. Cada método tem suas próprias forças e características únicas para que o método certo possa ser escolhido para a amostra e resultado desejados.

Células a serem coradas podem ser fixadas a um suporte sólido para permitir o fácil manuseio em procedimentos subsequentes. Isto pode ser conseguido por vários métodos: células aderentes podem ser cultivadas em lâminas de microscópio, lamelas, ou um suporte plástico opticamente adequado. As células em suspensão podem ser centrifugadas em lâminas de vidro (citospin), ligadas a um suporte sólido usando ligadores químicos, ou em alguns casos manipuladas em suspensão.

As suspensões celulares concentradas que existem em um meio de baixa viscosidade fazem bons candidatos para preparações de esfregaço. As suspensões celulares diluídas existentes num meio diluído são mais adequadas para a preparação de citospinas através da citocentrifugação. As suspensões celulares que existem num meio de alta viscosidade são mais adequadas para serem testadas como preparações de esfregaço. A constante entre estas preparações é que a célula inteira está presente na superfície da lâmina. Para que ocorra qualquer reação intercelular, a imunoglobulina deve primeiro atravessar a membrana celular que está intacta nestes preparados. As reacções que ocorrem no núcleo podem ser mais difíceis, e os fluidos extracelulares podem criar obstáculos únicos no desempenho da imunocitoquímica. Nesta situação, permeabilizar as células usando detergente (Triton X-100 ou Tween-20) ou escolher fixadores orgânicos (acetona, metanol ou etanol) torna-se necessário.

Antibodies são uma ferramenta importante para demonstrar tanto a presença como a localização subcelular de um antígeno. A coloração celular é uma técnica muito versátil e, se o antígeno for altamente localizado, pode detectar tão poucas quanto mil moléculas de antígeno em uma célula. Em algumas circunstâncias, a coloração celular também pode ser usada para determinar a concentração aproximada de um antígeno, especialmente por um analisador de imagem.