História inicial
Quando os espanhóis chegaram para colonizar Honduras, a terra foi ocupada por uma variedade de povos indígenas, os mais avançados dos quais eram os maias. O ouro estimulou a conquista espanhola da área no início do século XVI, e a cidade mineira hondurenha de Gracias tornou-se a capital da América Central espanhola (a Audiencia de los Confines) em 1544. Em 1548, porém, os espanhóis haviam esgotado o ouro, e Santiago (Antígua Guatemala) tornou-se a nova capital do Reino da Guatemala. Honduras, com sua capital em Comayagua e a agricultura como base de sua economia, era uma província desse reino (audiencia) dentro do Vice-reinado da Nova Espanha. Na década de 1570, uma greve de prata nas terras altas trouxe uma corrida de garimpeiros para Honduras, resultando na ascensão de um importante centro populacional em Tegucigalpa, que competiu posteriormente, especialmente no século XVIII, com Comayagua. No entanto, a agricultura, a base econômica duradoura da América Central, foi lenta a se desenvolver em Honduras. O desenvolvimento da sociedade espanhola na área das Honduras foi dificultado pelos ataques costeiros dos piratas e piratas endémicos do Mar das Caraíbas e, eventualmente, por um esforço britânico concertado para controlar as áreas costeiras da América Central. Durante longos períodos os espanhóis utilizaram uma defesa suave contra a ameaça caribenha, caindo de volta às terras altas e às áreas costeiras do Pacífico, que geralmente estavam mais próximas de sua rede de comunicação e transporte. Assim, os britânicos vieram para controlar a região costeira do Mosquito do Caribe. Os povos Sambo-Miskito ao longo da costa foram os aliados indispensáveis dos britânicos neste esforço. No século XVIII, porém, os reis Bourbon espanhóis fizeram um esforço sustentado para recuperar as áreas costeiras do Caribe, e seu sucesso no Golfo de Honduras se manifestou com a conclusão de um forte em Omoa no Golfo em 1779.
Independência da Espanha veio em 1821 e do México em 1823, quando Honduras se juntou na formação das Províncias Unidas da América Central. O atrito entre as facções Liberal e Conservadora logo minou a federação, no entanto. Em geral, os liberais favoreceram o republicanismo, o comércio mais livre, menos regulamentação governamental, a retirada dos poderes políticos e econômicos do clero católico e a imitação de modelos estrangeiros de desenvolvimento. Os conservadores defendiam o clero, inclinavam-se para o monarquismo, desconfiavam dos modelos estrangeiros, e eram geralmente mais tradicionais e pró-espanhóis na sua perspectiva. Em 1830 um liberal hondurenho, Francisco Morazán, tornou-se presidente desta federação, e durante uma década promoveu políticas liberais que reduziram o poder tradicional e os privilégios do clero e aumentaram as exportações agrícolas. A oposição popular e conservadora às políticas liberais levou ao colapso da federação, e Honduras declarou sua independência absoluta em 5 de novembro de 1838. Os conservadores prochurch em Honduras assumiram o controle sob o comando de Francisco Ferrera, que se tornou o primeiro presidente constitucional em 1º de janeiro de 1841. Durante meados do século XIX, apesar de sua declaração de soberania, Honduras apoiou os esforços para restaurar a união centro-americana, enquanto sua independência real era severamente limitada por seus vizinhos mais poderosos. O domínio conservador durou até a década de 1870, durante a qual a igreja recuperou sua posição anterior e o governo hondurenho assinou uma concordata (1861) com a Santa Sé em Roma.
Após 1871 a ascendência de Justo Rufino Barrios na Guatemala influenciou um retorno ao liberalismo em Honduras, onde Marco Aurélio Soto, um Liberal, assumiu a presidência (1876). Em 1880 os Liberais promulgaram uma nova constituição que procurava desfazer o trabalho dos Conservadores, e também mudaram a capital de Comayagua para Tegucigalpa. Cinco anos mais tarde, os liberais em Honduras e em outros lugares provaram ser primeiro nacionalistas e bloquearam uma tentativa da Guatemala de unificar o istmo pela força. Os liberais continuaram a dominar o país até o século XX, incentivando o investimento estrangeiro e o crescimento econômico, embora Honduras continuasse sendo o estado mais pobre do istmo.