Hemaglutinina, qualquer um de um grupo de glicoproteínas naturais que causam aglutinação dos glóbulos vermelhos (eritrócitos), ou aglomeram-se. Estas substâncias são encontradas em plantas, invertebrados e certos microorganismos. Entre as hemaglutininas mais bem caracterizadas estão aquelas que ocorrem como antígenos de superfície (proteínas estranhas que estimulam a produção de anticorpos) em vírus da família Orthomyxoviridae, que contém os vírus influenza, e da família Paramyxoviridae, que contém vários vírus patogênicos, incluindo aqueles que causam sarampo.
A presença de hemaglutinina nos vírus influenza permite que os vírus se liguem ao ácido siálico nas superfícies das células dos animais hospedeiros. Esta ligação facilita a infecção do hospedeiro, contribuindo assim para a virulência dos vírus. Acredita-se que um mecanismo semelhante contribui para a natureza infecciosa do vírus do sarampo. A hemaglutinina viral estimula a produção de anticorpos pelo sistema imunitário do hospedeiro. Estes anticorpos ligam-se a uma porção do antígeno da hemaglutinina conhecido como epitopo, marcando assim o vírus para destruição imunológica. No caso dos vírus da gripe, mutações nos genes que codificam a hemaglutinina podem dar origem a novos epitopos que permitem que os vírus escapem ao reconhecimento de anticorpos. Essas mutações podem resultar da deriva antigênica ou de processos de deslocamento antigênico que podem dar origem a vírus da influenza capazes de causar epidemias ou pandemias. Existem 16 formas de hemaglutinina, designadas H1 até H16, associadas aos vírus da influenza tipo A. Junto com várias formas de uma proteína antigênica viral chamada neuraminidase, a hemaglutinina é usada para distinguir entre subtipos de vírus da influenza A (por exemplo, H1N1, H5N1).
Anti-corpos para vírus que possuem antígenos de hemaglutinina podem ser detectados através de um teste de inibição da hemaglutinina. Se uma pessoa ou animal estiver a transportar tais anticorpos, a aglutinação dos glóbulos vermelhos será evitada (ver teste serológico).