Excavata
Like Rhizaria, Excavata (Figuras 5(e)-5(j)) são principalmente uma coleção de protozoários, mas também incluem um único grupo de algas secundárias. O mais recente ancestral comum das escavadas foi um flagelado (provavelmente um bacterívoro de vida livre) com um largo sulco de alimentação característico, e vários grupos de vida livre ainda têm esta forma celular básica (Simpson, 2003; e.g., Figura 5(f)). As escavações estão divididas em dois subgrupos principais, Metamonada e Discoba (Hampl et al., 2009). As metamônadas são descendentes de um ancestral comum que tinha perdido a capacidade de realizar respiração aeróbica, e consequentemente têm mitocôndrias altamente modificadas de vários tipos que carecem de genomas mitocondriais (Cavalier-Smith, 2003; Stairs et al., 2015). Muitas metamônadas são de vida livre e habitam ambientes marinhos ou de água doce pobres em oxigênio (por exemplo, Kolisko et al., 2010; Figura 5(f)), mas vários subgrupos tornaram-se parasitas especializados ou simbiontes de animais. O parasita intestinal Giardia e o parasita urogenital Trichomonas vaginalis são patógenos humanos altamente prevalecentes (p.ex, Adam, 2001; Lehker e Alderete, 2000), no entanto, existe também uma diversidade espectacular de metamônadas simbióticas nas entranhas de muitas térmitas devoradoras de madeira (Brugerolle e Lee, 2002a,b; Figura 5(e)).
Most Discoba têm mitocôndrias aeróbicas com genomas organelares, de facto, o pequeno grupo flagelado Jakobida (e.g, Reclinomonas e Andaluzia) têm genomas mitocondriais que retêm mais genes únicos, e mais características bacterianas, do que os de qualquer outro eukaryote (Burger et al., 2013; Lang et al., 1997). Discoba também inclui Heterolobosea (Figura 5(g)), muitas das quais têm fases alternadas de ameba e flagelado (a infame ameba ‘comedora do cérebro’ Naegleria fowleri é um heteroloboseano; ver Visvesvara, 2013). O último grande grupo Discoba, Euglenozoa, inclui numerosos flagelados protozoários que são abundantes bacterivoros associados à superfície e predadores de eucariotas microbianas (por exemplo, cinetoplastídeos ‘bodonídeos’ e eugenídeos fagotróficos; Boenigk e Arndt, 2002; Larsen e Patterson, 1990; Figura 5(j)). Também inclui os cinetoplastos parasitas que causam a doença do sono, a doença de Chagas e a leishmaniose em humanos (todos causados por diferentes tripanossomatídeos; Figura 5(h)), e várias doenças importantes de animais e algumas plantas (Simpson et al., 2006; Vickerman, 2002). Euglenozoa é também o lar taxonômico dos eugenóides fotossintéticos, que são algas secundárias com um plastídeo de origem algal verde (ver acima; Figura 5(i)).