Arquitectura Papal e Obras Tardias
Com a eleição do Papa Júlio II em 1503 Bramante logo se tornou o arquitecto papal, e fez um extenso trabalho no Palácio do Vaticano e começou a reconstruir São Pedro. O tremendo miradouro do Palácio (iniciado em 1503) foi erguido numa encosta em três níveis, unidos por escadas monumentais e definidos por loggias arcadas com ordens sobrepostas. O terraço inferior servia de teatro. Completado com muitas revisões no final do século XVI, é agora alterado quase para além do reconhecimento. Nas proximidades há uma escadaria em espiral e rampa (iniciada antes de 1512) que dá acesso à quadra da estátua além do Belvedere Court. Como uma nova fachada para o Palácio do Vaticano, Bramante desenhou uma série de loggias sobrepostas (1509-1518), mais tarde convertidas no Tribunal de S. Damaso. Completada por Rafael, há duas arcadas sobrepostas com pilastras toscanas e iônicas e acima delas uma colunata da ordem Composite.
Em 1505 Bramante preparou um plano para o Novo São Pedro que exigia uma cruz grega centralizada com uma grande cúpula sobre um tambor com colunata na travessia, quatro cúpulas menores e torres de canto. Quando o plano da cruz grega não foi aceito, ele planejou alongar um braço para formar uma nave e adicionar ambulatorias nos braços apsidais. A pedra fundamental foi colocada em Abril de 1506, mas na altura da sua morte Bramante tinha erguido apenas os quatro píeres principais e os arcos que iriam apoiar a cúpula.
Bramante acompanhou o Papa nas campanhas militares a Bolonha em 1506 e em 1510, e durante esta última campanha é relatado que ele entreteve o Papa todas as noites com o seu comentário sobre os escritos de Dante. Em 1513 o Papa concedeu-lhe o ofício de Piombatore, ou selador dos sumários papais. Bramante planejou um enorme palácio na Via Giulia para os tribunais papais de justiça. Foi iniciado em 1509, mas com a morte do Papa em 1513 a obra foi abandonada, deixando apenas alguns blocos maciços e rústicos do andar térreo.
A última obra de Bramante foi provavelmente o Palazzo Caprini (depois de 1510; destruído). Tinha um piso térreo rústico com lojas e um andar superior com meias colunas Doric acopladas. Propriedade mais tarde de Rafael, tornou-se o protótipo de numerosos palácios, especialmente no norte da Itália, de Michele Sanmicheli, Giulio Romano, e Andrea Palladio. Bramante morreu em 11 de março de 1514, e foi enterrado em Old St. Peter’s.