Cidade de Boerne v. Flores, processo no qual a Suprema Corte dos EUA em 25 de junho de 1997, decidiu (6-3) que a Lei de Restauração da Liberdade Religiosa (RFRA) de 1993 excedeu os poderes do Congresso. Segundo o tribunal, embora a lei fosse constitucional em relação às ações federais, não podia ser aplicada aos estados.
Em Boerne, Texas, a igreja católica local, um edifício tradicional de estilo adobe, tinha se tornado pequena para sua congregação, e em 1993 Patrick F. Flores, o arcebispo de San Antonio, solicitou uma permissão para ampliar a igreja. A Câmara Municipal negou a licença, citando uma portaria destinada a preservar o seu distrito histórico. Flores entrou com uma ação, alegando que a negação da permissão violava a RFRA, que afirma que “a superintendência não deve sobrecarregar substancialmente o exercício da religião por uma pessoa, mesmo que o ônus resulte de uma regra de aplicabilidade geral”. O ato se aplicou aos governos federal e estadual.
A RFRA veio três anos após a Divisão de Emprego, Departamento de Recursos Humanos do Oregon v. Smith (1990), na qual a Suprema Corte decidiu que um estado poderia negar benefícios de desemprego a membros da Igreja Nativa Americana que haviam sido demitidos de seus empregos por terem ingerido peiote para fins sacramentais; a corte explicou que leis que são oficialmente neutras no que diz respeito à religião podem ser aplicadas pelo governo. Em resposta, o Congresso aprovou a RFRA, tornando mais difícil para os governos se sobreporem às liberdades religiosas. Ao estender a lei aos governos estaduais, o Congresso se baseou na seção 5 da 14ª Emenda, que lhe deu o poder de aplicar as disposições dessa emenda; a 14ª Emenda exige o devido processo antes de privar qualquer pessoa da vida, liberdade ou propriedade, e proteção igual perante a lei.
Em Flores, um tribunal distrital federal decidiu pela Boerne, sustentando que a RFRA era inconstitucional. A Quinta Vara da Relação, no entanto, se inverteu ao considerar o ato constitucional.
O caso foi discutido perante o Supremo Tribunal Federal em 19 de fevereiro de 1997. O Congresso não tem poder discricionário para decretar leis sob a Seção 5 da Décima Quarta Emenda. O Congresso tem o poder apenas de fazer cumprir as disposições, o tribunal decidiu, mas não pode mudar o direito que está fazendo cumprir. Com efeito, o Congresso tem o poder de remediação para evitar abusos sob a Décima Quarta Emenda. Para ilustrar este ponto, o tribunal citou a Lei dos Direitos de Voto de 1965. O tribunal tinha mantido essa lei em vários casos, concluindo que o Congresso tinha o direito de promulgar fortes “medidas corretivas e preventivas” para corrigir “a discriminação racial generalizada e persistente” nos Estados Unidos. No caso da RFRA, porém, o tribunal considerou que a história legislativa da lei carecia de “exemplos de quaisquer casos de leis de aplicação geral aprovadas por causa do fanatismo religioso nos últimos 40 anos”. Além disso, o tribunal considerou que o ato era “tão desproporcional a um suposto objeto corretivo ou preventivo que não pode ser entendido como responsivo a, ou projetado para prevenir, comportamento inconstitucional”
Além disso, o tribunal considerou que a RFRA era muito ampla e levaria à intrusão em todos os níveis de governo. O tribunal perguntou-se como determinaria se a ação governamental sobrecarregaria substancialmente a liberdade religiosa de uma pessoa. A corte concluiu que a RFRA era “uma considerável intromissão do Congresso nas prerrogativas tradicionais dos Estados e na autoridade geral” e, portanto, era inconstitucional quando aplicada aos Estados. A decisão da Quinta Circunscrição foi invertida.