Calorimetria indireta mede o consumo de O2 e a produção de CO2. Partindo do pressuposto que todo o oxigénio é utilizado para oxidar combustíveis degradáveis e que todo o CO2, assim evoluído, é recuperado, é possível calcular a quantidade total de energia produzida. Deve ficar claro que “produção de energia” significa a conversão da energia química livre de nutrientes em energia química de ATP mais a perda de alguma energia durante o processo de oxidação. A calorimetria indireta respiratória, ou calorimetria indireta (CI) como é conhecida pela maioria dos autores, é um método não-invasivo e altamente preciso de taxa metabólica que tem uma taxa de erro inferior a 1%. Tem alta reprodutibilidade e tem sido considerado um método padrão-ouro. Este método permite estimar BEE e REE, além de permitir a identificação de substratos energéticos que estão sendo predominantemente metabolizados pelo organismo em um momento específico. Ele se baseia na medida indireta do calor produzido pela oxidação de macronutrientes, que é estimado através do monitoramento do consumo de oxigênio (O2) e da produção de dióxido de carbono (CO2) por um determinado período de tempo. O calorímetro tem um colector de gás que se adapta ao sujeito e um sistema que mede o volume e as concentrações de O2 e CO2 minuto a minuto. Através de uma válvula unidirecional, o calorímetro recolhe e quantifica o volume e a concentração de O2 inspirado e CO2 expirado pelo sujeito. Após o cumprimento de um volume, o gasto de energia em repouso é calculado pela fórmula Weir e os resultados são exibidos no software anexado ao sistema. Outra fórmula usada é:

M = V O 2 ( R Q – 0.7 0.3 e c + 1 – R Q 0.3 e f ) {\displaystyle M=VO_{2}}left({\frac {RQ-0.7}{0.3}}e_{c}+{\frac {1-RQ}{0.3}}}e_{f}{f}}}e_{fright)}

onde RQ é o quociente respiratório (relação entre o volume de CO2 produzido e o volume de O2 consumido), e c {\i}displaystyle e_{c}}

é 21,13 kilojoules (5,05 kcal), o calor libertado por litro de oxigénio pela oxidação dos hidratos de carbono, e e f {\f}}

é 19,62 kilojoules (4,69 kcal), o valor para a gordura. Isto dá o mesmo resultado que a fórmula Weir em RQ = 1 (queimando apenas carboidratos), e quase o mesmo valor em RQ = 0,7 (queimando apenas gordura).⊅∑′