Morze Bałtyckie, jeden z największych obszarów wód słonawych na świecie, można scharakteryzować jako młode, zimne morze zawierające zubożony ekosystem z powodu stresu zasolenia. Obecny Bałtyk został utworzony dopiero 2000 do 2500 lat temu, gdy duńskie dźwięki stały się bardziej wąskie i płytkie. Napływ słodkiej wody z okolicznych obszarów lądowych spowodował, że Bałtyk stopniowo nabierał słonawego charakteru. Obecnie Bałtyk zajmuje powierzchnię około 366 000 km2 jako seria basenów oddzielonych płytszymi obszarami i wypełnionych około 22 000 km3 słonawej wody. Baseny te to, z północy na południe, Zatoka Botnicka, Zatoka Fińska, Morze Gotlandzkie i Morze Bornholmskie. Gradient klimatyczny rozciąga się od prawie arktycznych warunków na skrajnej północy do bardziej morskiego klimatu w częściach południowych. Słona woda Morza Północnego jest połączona z Bałtykiem przez płytką cieśninę Kattegat i progi w duńskich cieśninach. Napływ słonej wody odbywa się na dwa różne sposoby, tj. jako ciągły przepływ wzdłuż dna spowodowany gradientem zasolenia oraz jako impulsy słonej wody generowane przez rozkład ciśnienia powietrza i kierunek wiatru. Napływ słodkiej wody (500 km3) pochodzącej głównie z dużych rzek jest w przybliżeniu równy odpływowi netto i napręża prąd południowy wzdłuż wybrzeża Szwecji, który również kompensuje napływ słonej wody. Ruchy pływowe można zaobserwować na południowym Bałtyku, ale mają one niewielkie znaczenie dla systemu. Czas przebywania całkowitej masy wody wynosi 25 lat, a warunki hydrograficzne w różnych basenach są stabilne i zdominowane przez stałą haloklinę oraz rozwijającą się każdej wiosny termoklinę. Zasolenie waha się od około 1-2 promili w najbardziej wewnętrznej części Zatoki Botnickiej do 10-15 promili w Morzu Bornholmskim. Zimą, przynajmniej w północnych częściach morza, ma miejsce całkowite mieszanie pionowe. Ze względu na gradient klimatyczny stan lodu różni się od około czterech miesięcy całkowitej pokrywy lodowej w wewnętrznych częściach Zatoki Botnickiej do jednego miesiąca lub mniej lodu przybrzeżnego w południowej części Bałtyku. Tak więc efekt sezonowy jest wyraźniejszy w częściach północnych.

Systemy żywe Bałtyku są zredukowane i przystosowane do tych zmiennych warunków. Porównując głębsze miękkie dno Zatoki Botnickiej z resztą Bałtyku, można zaobserwować następujący wzór. Pierwotna produktywność pelagiczna wzrasta sześciokrotnie z północy na południe. Południowe części morza wykazują wyraźny szczyt wiosenny, podczas gdy na północy rozwój wiosenny jest opóźniony lub zastąpiony przez maksimum letnie. Całkowity wzrost biomasy makrofauny jest uderzający, od około 1 g.m-2 (m.c.) na północy do 100 g.m-2 (m.c.) lub więcej na południu. Biomasy meiofauny i zooplanktonu wykazują mniejszą zmienność. Biomasa meiofauny wzrasta o współczynnik 2-4, dając biomasę około dwukrotnie wyższą od biomasy makrofauny w części najbardziej wysuniętej na północ. Wyjątkowo niskie zasolenie tego obszaru powoduje wykluczenie z fauny małży (filtratorów). Dostępne dane, w połączeniu z wysokim tempem metabolizmu meiofauny, w przybliżeniu podążają za zmianami produktywności pierwotnej w Morzu Bałtyckim. Zmieniający się stosunek makro- do meiofauny, jak również wyniki intensywnych badań makrobentosowego amfipoda Pontoporeia affinis (Lindström), sugerują, że makrofaunę regulują głównie ograniczenia pokarmowe, a systemy bentosowy i pelagiczny są ze sobą ściśle powiązane.