Z wyjątkiem niektórych pierwotnie badanych enzymów, takich jak pepsyna, rennina i trypsyna, większość nazw enzymów kończy się na „ase”. Międzynarodowa Unia Biochemii (I.U.B.) zainicjowała standardy nomenklatury enzymatycznej, które zalecają, aby nazwy enzymów wskazywały zarówno na substrat, na który działają, jak i na rodzaj katalizowanej reakcji. Zgodnie z tym systemem, enzym urykaza jest nazywany oksydoreduktazą moczanową: O2 oxidoreductase, podczas gdy enzym glutamic oxaloacetic transaminase (GOT) jest nazywany L-aspartate: 2-oxoglutarate aminotransferase.

Enzymes can be classified by the kind of chemical reaction catalyzed.

1. Dodawanie lub usuwanie wody
   1. Hydrolazy – należą do nich esterazy, węglowodany, nukleazy, deaminazy, amidazy i proteazy
   2. Hydrolazy, takie jak fumaraza, enolaza, akonitaza i anhydraza węglowa
2. Przenoszenie elektronów
   1. Oksydazy
   2. Dehydrogenazy
3. Przenoszenie rodnika
   1. Transglikozydazy -. z monosacharydów
   2. Transfosforylazy i fosfomutazy – z grupy fosforanowej
   3. Transaminazy – z grupy aminowej
   4. Transmetylazy z grupy metylowej
   5. Transacetylazy – z grupy acetylowej
4. Rozszczepianie lub tworzenie wiązania C-C
   1. Desmolazy
5. Zmienianie geometrii lub struktury cząsteczki
   1. Izomerazy
6. Łączenie dwóch cząsteczek poprzez hydrolizę wiązania pirofosforanowego w ATP lub innym trójfosforanie
   1. Ligazy

.