Kolokalizacja w mikroskopii odnosi się do różnych metod analizy danych w celu scharakteryzowania stopnia nakładania się dwóch kanałów w obrazie (umownie nazywanych kanałami R i G lub kanałami czerwonymi i zielonymi, niezależnie od długości fali, którą faktycznie zarejestrowały). Typowym zastosowaniem w mikroskopii fluorescencyjnej jest badanie obecności dwóch znakowanych celów w tym samym regionie komórki.
Dla przystępnego wprowadzenia zobacz Współczynniki kolokalizacji i Podstawy kolokalizacji.
Pamiętaj, że rozmycie i szum wpływają na kolokalizację.
Zobacz Analizator kolokalizacji i Teoria kolokalizacji, aby uzyskać więcej szczegółów.

Kolokalizacja obiektów

Zauważ, że Analizator obiektów w oprogramowaniu Huygens zapewnia również pomiary kolokalizacji na poziomie obiektu. Analizator kolokalizacji działa bardziej na poziomie całego obrazu, mimo że pewne lokalne statystyki kolokalizujących regionów mogą być łatwo pobrane.
Oba analizatory działają, w tym sensie, w komplementarny sposób.

• Analizator obiektów pozwala zdefiniować obiekty (zobacz Segmentacja obiektów) i zobaczyć jak bardzo się pokrywają, w objętości lub intensywności. Obiekty zdefiniowane w ten sposób mogą pokrywać się z innymi obiektami lub nie. Można odfiltrować obiekty, które w ogóle nie kolokalizują.
• Analizator kolokalizacji bada cały obraz w celu wyszukania regionów kolokalizacji na podstawie zwykłych współczynników kolokalizacji. Regiony te są następnie segmentowane i traktowane jako obiekty do analizy. Obiekty te są zatem zawsze objętościami przecięcia.