Izabela nie opuściła Portugalii przez kolejne osiem tygodni. Jej ojciec miał przygotowaną flotę i trousseau i 19 października 1429 roku, z flotyllą około 20 statków, Izabela – w towarzystwie prawie 2000 Portugalczyków – opuściła Portugalię na zawsze. Po jedenastotygodniowej podróży, podczas której flota była nękana przez sztormy, co spowodowało utratę kilku statków i dużej części jej ślubnego stroju, konwój dotarł do Sluys 25 grudnia 1429 roku. Księżna zeszła z pokładu następnego dnia, gdzie dwa tygodnie później, 7 stycznia 1430 r., Filip i ona zawarli formalne religijne małżeństwo.
Z mężem, w towarzystwie hrabiny Namur, Jeanne de Harcourt, Izabela podróżowała następnie przez główne terytoria Burgundii: z Gandawy (16 stycznia) do Kortrijk (13 lutego) do Lille, a następnie do Brukseli, Arras, Péronne-en-Mélantois, Mechelen i do połowy marca Noyon, gdzie Izabela, teraz w ciąży, postanowiła odpocząć przez wiosnę, wyjeżdżając dopiero wtedy, gdy Joanna d’Arc poprowadziła kampanię przeciwko pobliskiemu Compiègne. Następnie wróciła do Gandawy, gdzie zajęła się potencjalnym powstaniem gildii.
Izabela była początkowo nieprzygotowana na wystawny styl życia dworskiego w Burgundii, jeden z najbardziej ekstrawaganckich w Europie. Portugalska infantka, opisana przez burgundzką ambasadę, która wynegocjowała jej małżeństwo, jako wyglądająca jak zakonnica, gdy spotkali się po raz pierwszy, a teraz ubrana w luźne ubrania i płaskie narzuty, by ukryć swoją ciążę, wyglądała na swoim nowym dworze szczególnie skromnie. Izabelę bardziej niepokoiło jednak zachowanie jej męża. Obsypał ją prezentami, gdy przybyła po raz pierwszy, a jeszcze więcej, gdy zaszła w ciążę; mimo to dał jasno do zrozumienia, że nie ma zamiaru dotrzymać ślubów wierności i czystości. Utrzymywał liczne kobiety jako swoje kochanki, z których większość żyła z dala od dworu, i aż 50 nieślubnych dzieci.
Izabela urodziła swoje pierwsze dziecko 30 grudnia 1430 r. w Coudenberg w Brukseli, rok po ślubie. Dziecko, Antoine, które urodziło się chore, zostało ochrzczone 16 stycznia 1431 r., a wkrótce potem oboje rodzice wyjechali, by zająć się sprawami książęcymi. Jesienią tego samego roku Izabela była ponownie w ciąży z ich drugim synem, Józefem; co ważniejsze, spędziła ze swym mężem długi, nieprzerwany okres czasu, wykazując się inteligencją i zdolnościami, a także zaangażowaniem na rzecz burgundzkiej niezależności. Z tego powodu, gdy w styczniu 1432 r. Karol VII z Francji rozpoczął atak na Burgundię, Filip – opuszczając Coudenburg, by bronić Dijon – rozkazał, by reprezentowała go podczas jego nieobecności. Antoine i Józef zmarli w 1432 r., ale księżna urodziła przyszłego Karola Śmiałego 10 listopada 1433 r.
Izabela była wyrafinowaną i inteligentną kobietą, która lubiła otaczać się artystami i poetami. Była hojną mecenaską sztuki. W polityce miała wielki wpływ na swojego syna, ale jeszcze większy na męża, którego reprezentowała na wielu konferencjach dyplomatycznych i dla którego rządziła, gdy był nieobecny. Wynegocjowała wiele małżeństw członków swego dworu, między innymi małżeństwo swego syna Karola z Katarzyną Francuską. Szczególną troską otaczała też Marię z Guelders, która opiekowała się Katarzyną. Izabela pomogła zaaranżować jej małżeństwo z Jakubem II Szkockim, które uczyniło ją królową
.